In situ genetic perturbation of gut bacteria with engineered phage vectors and CRISPR

Información del proyecto

crInSitu

Identificador del acuerdo de subvención: 101044479

DOI

10.3030/101044479

Fecha de la firma de la CE 22 Abril 2022

Fecha de inicio 1 Septiembre 2022

Fecha de finalización 31 Agosto 2027

Financiado con arreglo a

• European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 780,00

Aportación de la UE

€ 1 999 780,00

Coordinado por

INSTITUT PASTEUR
France

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Publicaciones

Peer reviewed articles (6)

Computational design of novel Cas9 PAM-interacting domains using evolution-based modelling and structural quality assessment

Autores: Cyril Malbranke; William Rostain; Florence Depardieu; Simona Cocco; Rémi Monasson; David Bikard
Publicado en: PLoS Computational Biology, Vol 19, Iss 11, p e1011621 (2023), 2023, ISSN 1553-7358
Editor: PLoS Computational Biology
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011621

Generation of a Biotin-Tagged Dual-Display Phage

Autores: De Plano, Laura Maria; Oddo, Salvatore; Bikard, David; Caccamo, Antonella; Conoci, Sabrina
Publicado en: Cells, 2024, ISSN 2073-4409
Editor: MDPI
DOI: 10.3390/CELLS13201696

Nucleic Acids Research

Autores: William Rostain; Theophile Grebert; Danylo Vyhovskyi; Paula Thiel Pizarro; Gatwa Tshinsele-Van Bellingen; Lun Cui; David Bikard
Publicado en: "Nucleic Acids Research, 2023, 51 (7), pp.3485-3496. ⟨10.1093/nar/gkad170⟩", 2023, ISSN 0305-1048
Editor: Nucleic Acids Research
DOI: 10.1093/nar/gkad170

A virally encoded tRNA neutralizes the PARIS antiviral defence system

Autores: Nathaniel Burman, Svetlana Belukhina, Florence Depardieu, Royce A. Wilkinson, Mikhail Skutel, Andrew Santiago-Frangos, Ava B. Graham, Alexei Livenskyi, Anna Chechenina, Natalia Morozova, Trevor Zahl, William S. Henriques, Murat Buyukyoruk, Christophe Rouillon, Baptiste Saudemont, Lena Shyrokova, Tatsuaki Kurata, Vasili Hauryliuk, Konstantin Severinov, Justine Groseille, Agnès Thierry, Romain Koszul, Florian Tesson, Aude Bernheim, David Bikard, Blake Wiedenheft, Artem Isaev
Publicado en: Nature, Edición 634, 2024, ISSN 0028-0836
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41586-024-07874-3

In situ targeted base editing of bacteria in the mouse gut

Autores: Andreas K. Brödel; Loïc H. Charpenay; Matthieu Galtier; Fabien J. Fuche; Rémi Terrasse; Chloé Poquet; Jan Havránek; Simone Pignotti; Antonina Krawczyk; Marion Arraou; Gautier Prevot; Dalila Spadoni; Matthew T. N. Yarnall; Edith M. Hessel; Jesus Fernandez-Rodriguez; Xavier Duportet; David Bikard
Publicado en: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Editor: Nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07681-w

Delivery of functional Cas:DNA nucleoprotein complexes into recipient bacteria through a type IV secretion system

Autores: Dolores L. Guzmán-Herrador; Andrea Fernández-Gómez; Florence Depardieu; David Bikard; Matxalen Llosa
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Editor: Proceedings of the National Academy of Science
DOI: 10.1073/PNAS.2408509121