In situ genetic perturbation of gut bacteria with engineered phage vectors and CRISPR

Informations projet

crInSitu

N° de convention de subvention: 101044479

DOI

10.3030/101044479

Date de signature de la CE 22 Avril 2022

Date de début 1 Septembre 2022

Date de fin 31 Août 2027

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 780,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 780,00

Coordonné par

INSTITUT PASTEUR
France

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Publications

Peer reviewed articles (6)

Computational design of novel Cas9 PAM-interacting domains using evolution-based modelling and structural quality assessment

Auteurs: Cyril Malbranke; William Rostain; Florence Depardieu; Simona Cocco; Rémi Monasson; David Bikard
Publié dans: PLoS Computational Biology, Vol 19, Iss 11, p e1011621 (2023), 2023, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLoS Computational Biology
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011621

Generation of a Biotin-Tagged Dual-Display Phage

Auteurs: De Plano, Laura Maria; Oddo, Salvatore; Bikard, David; Caccamo, Antonella; Conoci, Sabrina
Publié dans: Cells, 2024, ISSN 2073-4409
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/CELLS13201696

Nucleic Acids Research

Auteurs: William Rostain; Theophile Grebert; Danylo Vyhovskyi; Paula Thiel Pizarro; Gatwa Tshinsele-Van Bellingen; Lun Cui; David Bikard
Publié dans: "Nucleic Acids Research, 2023, 51 (7), pp.3485-3496. ⟨10.1093/nar/gkad170⟩", 2023, ISSN 0305-1048
Éditeur: Nucleic Acids Research
DOI: 10.1093/nar/gkad170

A virally encoded tRNA neutralizes the PARIS antiviral defence system

Auteurs: Nathaniel Burman, Svetlana Belukhina, Florence Depardieu, Royce A. Wilkinson, Mikhail Skutel, Andrew Santiago-Frangos, Ava B. Graham, Alexei Livenskyi, Anna Chechenina, Natalia Morozova, Trevor Zahl, William S. Henriques, Murat Buyukyoruk, Christophe Rouillon, Baptiste Saudemont, Lena Shyrokova, Tatsuaki Kurata, Vasili Hauryliuk, Konstantin Severinov, Justine Groseille, Agnès Thierry, Romain Koszul, Florian Tesson, Aude Bernheim, David Bikard, Blake Wiedenheft, Artem Isaev
Publié dans: Nature, Numéro 634, 2024, ISSN 0028-0836
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41586-024-07874-3

In situ targeted base editing of bacteria in the mouse gut

Auteurs: Andreas K. Brödel; Loïc H. Charpenay; Matthieu Galtier; Fabien J. Fuche; Rémi Terrasse; Chloé Poquet; Jan Havránek; Simone Pignotti; Antonina Krawczyk; Marion Arraou; Gautier Prevot; Dalila Spadoni; Matthew T. N. Yarnall; Edith M. Hessel; Jesus Fernandez-Rodriguez; Xavier Duportet; David Bikard
Publié dans: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07681-w

Delivery of functional Cas:DNA nucleoprotein complexes into recipient bacteria through a type IV secretion system

Auteurs: Dolores L. Guzmán-Herrador; Andrea Fernández-Gómez; Florence Depardieu; David Bikard; Matxalen Llosa
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Éditeur: Proceedings of the National Academy of Science
DOI: 10.1073/PNAS.2408509121