In situ genetic perturbation of gut bacteria with engineered phage vectors and CRISPR

Projektinformationen

crInSitu

ID Finanzhilfevereinbarung: 101044479

DOI 10.3030/101044479

EK-Unterschriftsdatum 22 April 2022

Startdatum 1 September 2022

Enddatum 31 August 2027

Finanziert unter

• European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 1 999 780,00

EU-Beitrag € 1 999 780,00

Koordiniert durch

INSTITUT PASTEUR
Frankreich

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Veröffentlichungen

Fachlich begutachtete Artikel (6)

Computational design of novel Cas9 PAM-interacting domains using evolution-based modelling and structural quality assessment

Autoren: Cyril Malbranke; William Rostain; Florence Depardieu; Simona Cocco; Rémi Monasson; David Bikard
Veröffentlicht in: PLoS Computational Biology, Vol 19, Iss 11, p e1011621 (2023), 2023, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLoS Computational Biology
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011621

Generation of a Biotin-Tagged Dual-Display Phage

Autoren: De Plano, Laura Maria; Oddo, Salvatore; Bikard, David; Caccamo, Antonella; Conoci, Sabrina
Veröffentlicht in: Cells, 2024, ISSN 2073-4409
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/CELLS13201696

Nucleic Acids Research

Autoren: William Rostain; Theophile Grebert; Danylo Vyhovskyi; Paula Thiel Pizarro; Gatwa Tshinsele-Van Bellingen; Lun Cui; David Bikard
Veröffentlicht in: "Nucleic Acids Research, 2023, 51 (7), pp.3485-3496. ⟨10.1093/nar/gkad170⟩", 2023, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Nucleic Acids Research
DOI: 10.1093/nar/gkad170

A virally encoded tRNA neutralizes the PARIS antiviral defence system

Autoren: Nathaniel Burman, Svetlana Belukhina, Florence Depardieu, Royce A. Wilkinson, Mikhail Skutel, Andrew Santiago-Frangos, Ava B. Graham, Alexei Livenskyi, Anna Chechenina, Natalia Morozova, Trevor Zahl, William S. Henriques, Murat Buyukyoruk, Christophe Rouillon, Baptiste Saudemont, Lena Shyrokova, Tatsuaki Kurata, Vasili Hauryliuk, Konstantin Severinov, Justine Groseille, Agnès Thierry, Romain Koszul, Florian Tesson, Aude Bernheim, David Bikard, Blake Wiedenheft, Artem Isaev
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 634, 2024, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41586-024-07874-3

In situ targeted base editing of bacteria in the mouse gut

Autoren: Andreas K. Brödel; Loïc H. Charpenay; Matthieu Galtier; Fabien J. Fuche; Rémi Terrasse; Chloé Poquet; Jan Havránek; Simone Pignotti; Antonina Krawczyk; Marion Arraou; Gautier Prevot; Dalila Spadoni; Matthew T. N. Yarnall; Edith M. Hessel; Jesus Fernandez-Rodriguez; Xavier Duportet; David Bikard
Veröffentlicht in: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07681-w

Delivery of functional Cas:DNA nucleoprotein complexes into recipient bacteria through a type IV secretion system

Autoren: Dolores L. Guzmán-Herrador; Andrea Fernández-Gómez; Florence Depardieu; David Bikard; Matxalen Llosa
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Herausgeber: Proceedings of the National Academy of Science
DOI: 10.1073/PNAS.2408509121