Computational Microscopy of Cells

Projektinformationen

COMP-O-CELL

ID Finanzhilfevereinbarung: 101053661

DOI

10.3030/101053661

EK-Unterschriftsdatum 25 Mai 2022

Startdatum 1 September 2022

Enddatum 31 August 2027

Finanziert unter

• European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 498 148,00

EU-Beitrag

€ 2 498 148,00

Koordiniert durch

RIJKSUNIVERSITEIT GRONINGEN
Netherlands

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Leistungen

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of Data Management Plan

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (6)

Bartender: Martini 3 Bonded Terms via Quantum Mechanics-based Molecular Dynamics

Autoren: Gilberto P. Pereira; Riccardo Alessandri; Moisés Domínguez; Rocío Araya-Osorio; Linus Grünewald; Luís Borges-Araújo; Sangwook Wu; Siewert J. Marrink; Paulo C. T. Souza; Raul Mera-Adasme
Veröffentlicht in: JCTC, 2024, ISSN 1549-9626
Herausgeber: ACS
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-62kh1-v2

Dynamics of chromosome organization in a minimal bacterial cell

Autoren: Benjamin R. Gilbert; Zane R. Thornburg; Troy A. Brier; Jan A. Stevens; Fabian Grünewald; John E. Stone; John E. Stone; Siewert J. Marrink; Zaida Luthey-Schulten; Zaida Luthey-Schulten; Zaida Luthey-Schulten
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Vol 11 (2023), 2023, ISSN 2296-2646
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.1016/j.bpj.2023.11.1996

Martini 3 Coarse-Grained Force Field for Cholesterol

Autoren: Luís Borges-Araújo; Ana C. Borges-Araújo; Tugba Nur Ozturk; Daniel P. Ramirez-Echemendia; Balázs Fábián; Timothy S. Carpenter; Sebastian Thallmair; Jonathan Barnoud; Helgi I. Ingólfsson; Gerhard Hummer; D. Peter Tieleman; Siewert J. Marrink; Paulo C. T. Souza; Manuel N. Melo
Veröffentlicht in: "Journal of Chemical Theory and Computation, 2023, 19 (20), pp.7387-7404. ⟨10.1021/acs.jctc.3c00547⟩", 2023, ISSN 1549-9626
Herausgeber: ACS
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-lh7bq

Automatic Optimization of Lipid Models in the Martini Force Field Using <i>SwarmCG</i>

Autoren: Charly Empereur-mot; Kasper B. Pedersen; Riccardo Capelli; Martina Crippa; Cristina Caruso; Mattia Perrone; Paulo C. T. Souza; Siewert J. Marrink; Giovanni M. Pavan
Veröffentlicht in: JCIM, 2023, ISSN 1549-9626
Herausgeber: ACS
DOI: 10.1021/acs.jcim.3c00530

Molecular dynamics simulation of an entire cell

Autoren: Stevens et al.
Veröffentlicht in: Frontiers in Chemistry, 2023, ISSN 2296-2646
Herausgeber: frontiers
DOI: 10.3389/fchem.2023.1106495

Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications

Autoren: Borges-Araújo, Luís; Patmanidis, Ilias; Singh, Akhil P.; Santos, Lucianna H. S.; Sieradzan, Adam K.; Vanni, Stefano; Czaplewski, Cezary; Pantano, Sergio; Shinoda, Wataru; Monticelli, Luca; Liwo, Adam; Marrink, Siewert J.; Souza, Paulo C. T.
Veröffentlicht in: JCTC, 2023, ISSN 1549-9626
Herausgeber: ACS
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00733