Descrizione del progetto
Microbioma intestinale: indicatore di infezioni ricorrenti
Le infezioni ricorrenti del tratto urinario colpiscono molte donne nel corso della loro vita e sono spesso causate da batteri che risiedono nell’intestino. Pertanto, il microbioma intestinale può servire come indicatore di infezioni ricorrenti e di resistenza agli antibiotici. Finanziato dal Consiglio europeo della ricerca, il progetto OUTSMART-infection si propone di intraprendere un’analisi fenotipica e genomica dei microbiomi intestinali dei pazienti. Con l’ausilio dell’apprendimento automatico, i ricercatori si propongono di sviluppare un modello di infettività che possa essere utilizzato per progettare il trattamento ed evitare l’insorgenza di resistenze. Inoltre, il progetto verificherà se la manipolazione del microbioma intestinale con antibiotici specifici possa prevenire le infezioni ricorrenti.
Obiettivo
Antibiotics are a double-edged sword: they help clear the current infection, yet can also select for resistant pathogens, making future infections harder to treat. While treatment guidelines recognize this collateral damage, we currently lack strategies to predict how treatments affect future recurrence and resistance at the individual patient level. This problem is of particular importance in Urinary Tract Infections (UTIs); affecting the majority of women over their lifetime, UTIs can chronically recur despite antimicrobial treatment. Importantly, UTIs are often self-seeded by strains residing in the gut microbiome, suggesting that the gut microbiome may provide means to predict current and future infections and could possibly even be manipulated to minimize infections. Here, we propose an interdisciplinary approach combining high-throughput phenotyping and genomics of same-patient gut-microbiome and UTI samples with machine-learning analysis of clinical records, towards a look-ahead treatment strategy for recurrent infections. First, we will use whole-genome and meta-genome approaches to sensitively detect infecting strains within the patients microbiome and develop a gene-based model for the infectivity of strains and thereby for the likely infecting agent and resistance profile of infection. Second, we will use long-read sequencing to map genetic linkage among resistances in each patients microbiome, enabling the development of a reinforcement machine-learning model to assign treatments that minimize both the risk of treatment failure and of future resistance. Finally, quantifying in vivo and in vitro the impacts of antibiotic intake on microbiome composition, we will test the feasibility of prescribing antibiotics that manipulate the microbiome in favor of less infectious strains. Together, this unique research-to-clinic data-rich approach will establish the basic foundations for a microbiome-based paradigm of look-ahead treatment strategies.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica
- scienze mediche e della salute medicina di base farmacologia e farmacia farmaci antibiotici
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2021-ADG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
32000 Haifa
Israele
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.