RNA PROCESSING FOR ANTI-CANCER IMMUNOTHERAPY

Informations projet

CANCERNA

N° de convention de subvention: 101057250

DOI

10.3030/101057250

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Mai 2022

Date de début 1 Juin 2022

Date de fin 31 Mai 2025

Financé au titre de

• Health

Coût total

€ 5 999 381,25

Contribution de l’UE

€ 5 999 381,00

Coordonné par

HADASSAH MEDICAL ORGANIZATION
Israel

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Data sets, microdata, etc (2)

List of altered transcripts and NMD-prone transcripts

a. List of altered transcripts, which are induced by the presence of splicing factor mutations and generate predicted immunogenic peptides (M18)b.List of NMD-prone transcripts which are induced by the presence of NMD inhibitors generate predicted immunogenic peptides (M18)

Bio-bank of tumour samples and generation of RNA-seq datasets

a. Bio-bank of tumour samples (uveal melanoma and MDS/AML) harbouring mutations in splicing factor genes (M12)b.Generation of RNA-seq datasets and splicing analysis of tumour samples (uveal melanoma and MDS/AML) harbouring mutations in splicing factor genes (M18)

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

CANCERNA project website and social media platforms

Other (1)

Selection of a reproducible method to be adopted by participating groups, of mRNA-loaded APC preparation for vaccine epitope presentation.

Publications

Peer reviewed articles (16)

The future of affordable cancer immunotherapy

Auteurs: Schaft N, Dörrie J, Schuler G, Schuler-Thurner B, Sallam H, Klein S, Eisenberg G, Frankenburg S, Lotem M, Khatib A.
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 1248867, 2023, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2023.1248867

Tumor Antigens beyond the Human Exome

Auteurs: Lisabeth Emilius, Franziska Bremm, Amanda Katharina Binder, Niels Schaft, Jan Dörrie
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 25, 2025, ISSN 1422-0067
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/IJMS25094673

Cancers

Auteurs: S. Matos, P. Bernardo, S. Esteves, A.B.d. Sousa, M. Lemos, P. Ribeiro, M. Silva, A. Nunes, J. Lobato, M.d.J. Frade, M.G.da. S, S. Chacim, J. Mariz, G. Esteves,J. Raposo, A. Espadana, J. Carda, P. Barbosa, V. Martins, M. Carmo-Fonseca, J. Desterro
Publié dans: Cancers, Numéro 14133236, 2022, ISSN 2072-6694
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/cancers14133236

Spliced to kill: RNA mis-splicing derived cancer neoantigens

Auteurs: Anurag V. Prabhu, Carla Azar-Koussa, Zahava Siegfried, Rotem Karni
Publié dans: Trends in Cancer, 2025, ISSN 2405-8033
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TRECAN.2025.06.001

Targeting splicing factors for cancer therapy

Auteurs: Ariel Bashari, Zahava Siegfried, Rotem Karni
Publié dans: RNA, Numéro 29, 2023, ISSN 1355-8382
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1261/RNA.079585.123

Gene network-based and ensemble modeling-based selection of tumor-associated antigens with a predicted low risk of tissue damage for targeted immunotherapy

Auteurs: Christopher Lischer, Martin Eberhardt, Cindy Flamann, Johannes Berges, Esther Güse, Anja Wessely, Adrian Weich, Jimmy Retzlaff, Jan Dörrie, Niels Schaft, Manuel Wiesinger, Johannes März, Beatrice Schuler-Thurner, Harald Knorr, Shailendra Gupta, Krishna Pal Singh, Gerold Schuler, Markus Vincent Heppt, Elias Andreas Thomas Koch, Nadine D van Kleef, Julian J Freen-van Heeren, Annelies W Turksma, Olaf Wolkenhauer, Bettina Hohberger, Carola Berking, Heiko Bruns, Julio Vera
Publié dans: Journal for ImmunoTherapy of Cancer, Numéro 12, 2024, ISSN 2051-1426
Éditeur: BMJ
DOI: 10.1136/JITC-2023-008104

Generation of tumor neoantigens by RNA splicing perturbation

Auteurs: Adi Rosenberg-Mogilevsky, Zahava Siegfried, Rotem Karni
Publié dans: Trends in Cancer, Numéro 11, 2025, ISSN 2405-8033
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TRECAN.2024.10.008

Non-Coding RNA in Tumor Cells and Tumor-Associated Myeloid Cells—Function and Therapeutic Potential

Auteurs: Amanda Katharina Binder, Franziska Bremm, Jan Dörrie, Niels Schaft
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 25, 2025, ISSN 1422-0067
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/IJMS25137275

RBFOX2 modulates a metastatic signature of alternative splicing in pancreatic cancer

Auteurs: Amina Jbara, Kuan-Ting Lin, Chani Stossel, Zahava Siegfried, Haya Shqerat, Adi Amar-Schwartz, Ela Elyada, Maxim Mogilevsky, Maria Raitses-Gurevich, Jared L. Johnson, Tomer M. Yaron, Ofek Ovadia, Gun Ho Jang, Miri Danan-Gotthold, Lewis C. Cantley, Erez Y. Levanon, Steven Gallinger, Adrian R. Krainer, Talia Golan, Rotem Karni
Publié dans: Nature, Numéro 617, 2023, ISSN 0028-0836
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41586-023-05820-3

Apolipoprotein E4 facilitates transfection of human monocyte-derived dendritic cells by lipid nanoparticles

Auteurs: Izabella Lambart, Hannah Zaryouh, Jonas Van Audenaerde, Dana Liu, Delphine Quatannens, Eva Lion, Stefan Schiller, Simon Geissler, Evelien Smits, Karsten Mäder
Publié dans: International Journal of Pharmaceutics, Numéro 678, 2025, ISSN 0378-5173
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.IJPHARM.2025.125720

Precise in vivo RNA base editing with a wobble-enhanced circular CLUSTER guide RNA

Auteurs: Philipp Reautschnig, Carolin Fruhner, Nicolai Wahn, Charlotte P. Wiegand, Sabrina Kragness, John F. Yung, Daniel T. Hofacker, Jenna Fisk, Michelle Eidelman, Nils Waffenschmidt, Maximilian Feige, Laura S. Pfeiffer, Annika E. Schulz, Yvonne Füll, Erez Y. Levanon, Gail Mandel, Thorsten Stafforst
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 43, 2025, ISSN 1087-0156
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41587-024-02313-0

Melanoma 2.0. Skin cancer as a paradigm for emerging diagnostic technologies, computational modelling and artificial intelligence

Auteurs: Julio Vera, Xin Lai, Andreas Baur, Michael Erdmann, Shailendra Gupta, Cristiano Guttà, Lucie Heinzerling, Markus V Heppt, Philipp Maximilian Kazmierczak, Manfred Kunz, Christopher Lischer, Brigitte M Pützer, Markus Rehm, Christian Ostalecki, Jimmy Retzlaff, Stephan Witt, Olaf Wolkenhauer, Carola Berking
Publié dans: Briefings in Bioinformatics, Numéro 23, 2022, ISSN 1467-5463
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIB/BBAC433

The Influence of Indisulam on Human Immune Effector Cells: Is a Combination with Immunotherapy Feasible?

Auteurs: Lisa Arnet, Lisabeth Emilius, Annett Hamann, Maria Carmo-Fonseca, Carola Berking, Jan Dörrie, Niels Schaft
Publié dans: Pharmaceutics, Numéro 17, 2025, ISSN 1999-4923
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/PHARMACEUTICS17030368

Alternative splicing of modulatory immune receptors in T lymphocytes: a newly identified and targetable mechanism for anticancer immunotherapy

Auteurs: Shay Tzaban, Ori Stern, Elad Zisman, Galit Eisenberg, Shiri Klein, Shoshana Frankenburg, Michal Lotem
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 15, 2025, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FIMMU.2024.1490035

Unveiling alternative splicing dynamics in activated T lymphocytes and their implications for immune checkpoint blockade efficacy

Auteurs: Elad Zisman, Ori Stern, Reyut Lewis, Shay Tzaban 1, Thomas Eisenhaure, Sarah E Henrickson, Moshe Sade-Feldman, Shira Silberman-Klein, Galit Eisenberg, Nir Hacohen, Keren Yizhak, Michal Lotem
Publié dans: iScience, 2025, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/J.ISCI.2025

Transcriptome-wide splicing network reveals specialized regulatory functions of the core spliceosome

Auteurs: Malgorzata E. Rogalska, Estefania Mancini, Sophie Bonnal, André Gohr, Bryan M. Dunyak, Niccolò Arecco, Peter G. Smith, Frédéric H. Vaillancourt, Juan Valcárcel
Publié dans: Science, Numéro 386, 2024, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/SCIENCE.ADN8105

Conference proceedings (1)

Human Gene Therapy

Auteurs: S. Tzaban, P. Appasamy, E. Abdallah, R. Lewis, E. Zisman, S. Klein, R. Karni, G. Eisenberg, M. Lotem
Publié dans: International Conference on Lymphocyte Engineering, Numéro 4, 2023, ISSN 1043-0342
Éditeur: Human Gene Therapy
DOI: 10.1089/hum.2023.29253.abstracts.index