RNA PROCESSING FOR ANTI-CANCER IMMUNOTHERAPY

Projektinformationen

CANCERNA

ID Finanzhilfevereinbarung: 101057250

DOI

10.3030/101057250

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 19 Mai 2022

Startdatum 1 Juni 2022

Enddatum 31 Mai 2025

Finanziert unter

• Health

Gesamtkosten

€ 5 999 381,25

EU-Beitrag

€ 5 999 381,00

Koordiniert durch

HADASSAH MEDICAL ORGANIZATION
Israel

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Data sets, microdata, etc (2)

List of altered transcripts and NMD-prone transcripts

a. List of altered transcripts, which are induced by the presence of splicing factor mutations and generate predicted immunogenic peptides (M18)b.List of NMD-prone transcripts which are induced by the presence of NMD inhibitors generate predicted immunogenic peptides (M18)

Bio-bank of tumour samples and generation of RNA-seq datasets

a. Bio-bank of tumour samples (uveal melanoma and MDS/AML) harbouring mutations in splicing factor genes (M12)b.Generation of RNA-seq datasets and splicing analysis of tumour samples (uveal melanoma and MDS/AML) harbouring mutations in splicing factor genes (M18)

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

CANCERNA project website and social media platforms

Other (1)

Selection of a reproducible method to be adopted by participating groups, of mRNA-loaded APC preparation for vaccine epitope presentation.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

The future of affordable cancer immunotherapy

Autoren: Schaft N, Dörrie J, Schuler G, Schuler-Thurner B, Sallam H, Klein S, Eisenberg G, Frankenburg S, Lotem M, Khatib A.
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 1248867, 2023, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2023.1248867

Tumor Antigens beyond the Human Exome

Autoren: Lisabeth Emilius, Franziska Bremm, Amanda Katharina Binder, Niels Schaft, Jan Dörrie
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 25, 2025, ISSN 1422-0067
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/IJMS25094673

Cancers

Autoren: S. Matos, P. Bernardo, S. Esteves, A.B.d. Sousa, M. Lemos, P. Ribeiro, M. Silva, A. Nunes, J. Lobato, M.d.J. Frade, M.G.da. S, S. Chacim, J. Mariz, G. Esteves,J. Raposo, A. Espadana, J. Carda, P. Barbosa, V. Martins, M. Carmo-Fonseca, J. Desterro
Veröffentlicht in: Cancers, Ausgabe 14133236, 2022, ISSN 2072-6694
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/cancers14133236

Spliced to kill: RNA mis-splicing derived cancer neoantigens

Autoren: Anurag V. Prabhu, Carla Azar-Koussa, Zahava Siegfried, Rotem Karni
Veröffentlicht in: Trends in Cancer, 2025, ISSN 2405-8033
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TRECAN.2025.06.001

Targeting splicing factors for cancer therapy

Autoren: Ariel Bashari, Zahava Siegfried, Rotem Karni
Veröffentlicht in: RNA, Ausgabe 29, 2023, ISSN 1355-8382
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1261/RNA.079585.123

Gene network-based and ensemble modeling-based selection of tumor-associated antigens with a predicted low risk of tissue damage for targeted immunotherapy

Autoren: Christopher Lischer, Martin Eberhardt, Cindy Flamann, Johannes Berges, Esther Güse, Anja Wessely, Adrian Weich, Jimmy Retzlaff, Jan Dörrie, Niels Schaft, Manuel Wiesinger, Johannes März, Beatrice Schuler-Thurner, Harald Knorr, Shailendra Gupta, Krishna Pal Singh, Gerold Schuler, Markus Vincent Heppt, Elias Andreas Thomas Koch, Nadine D van Kleef, Julian J Freen-van Heeren, Annelies W Turksma, Olaf Wolkenhauer, Bettina Hohberger, Carola Berking, Heiko Bruns, Julio Vera
Veröffentlicht in: Journal for ImmunoTherapy of Cancer, Ausgabe 12, 2024, ISSN 2051-1426
Herausgeber: BMJ
DOI: 10.1136/JITC-2023-008104

Generation of tumor neoantigens by RNA splicing perturbation

Autoren: Adi Rosenberg-Mogilevsky, Zahava Siegfried, Rotem Karni
Veröffentlicht in: Trends in Cancer, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2405-8033
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TRECAN.2024.10.008

Non-Coding RNA in Tumor Cells and Tumor-Associated Myeloid Cells—Function and Therapeutic Potential

Autoren: Amanda Katharina Binder, Franziska Bremm, Jan Dörrie, Niels Schaft
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 25, 2025, ISSN 1422-0067
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/IJMS25137275

RBFOX2 modulates a metastatic signature of alternative splicing in pancreatic cancer

Autoren: Amina Jbara, Kuan-Ting Lin, Chani Stossel, Zahava Siegfried, Haya Shqerat, Adi Amar-Schwartz, Ela Elyada, Maxim Mogilevsky, Maria Raitses-Gurevich, Jared L. Johnson, Tomer M. Yaron, Ofek Ovadia, Gun Ho Jang, Miri Danan-Gotthold, Lewis C. Cantley, Erez Y. Levanon, Steven Gallinger, Adrian R. Krainer, Talia Golan, Rotem Karni
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 617, 2023, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41586-023-05820-3

Apolipoprotein E4 facilitates transfection of human monocyte-derived dendritic cells by lipid nanoparticles

Autoren: Izabella Lambart, Hannah Zaryouh, Jonas Van Audenaerde, Dana Liu, Delphine Quatannens, Eva Lion, Stefan Schiller, Simon Geissler, Evelien Smits, Karsten Mäder
Veröffentlicht in: International Journal of Pharmaceutics, Ausgabe 678, 2025, ISSN 0378-5173
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.IJPHARM.2025.125720

Precise in vivo RNA base editing with a wobble-enhanced circular CLUSTER guide RNA

Autoren: Philipp Reautschnig, Carolin Fruhner, Nicolai Wahn, Charlotte P. Wiegand, Sabrina Kragness, John F. Yung, Daniel T. Hofacker, Jenna Fisk, Michelle Eidelman, Nils Waffenschmidt, Maximilian Feige, Laura S. Pfeiffer, Annika E. Schulz, Yvonne Füll, Erez Y. Levanon, Gail Mandel, Thorsten Stafforst
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 43, 2025, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41587-024-02313-0

Melanoma 2.0. Skin cancer as a paradigm for emerging diagnostic technologies, computational modelling and artificial intelligence

Autoren: Julio Vera, Xin Lai, Andreas Baur, Michael Erdmann, Shailendra Gupta, Cristiano Guttà, Lucie Heinzerling, Markus V Heppt, Philipp Maximilian Kazmierczak, Manfred Kunz, Christopher Lischer, Brigitte M Pützer, Markus Rehm, Christian Ostalecki, Jimmy Retzlaff, Stephan Witt, Olaf Wolkenhauer, Carola Berking
Veröffentlicht in: Briefings in Bioinformatics, Ausgabe 23, 2022, ISSN 1467-5463
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/BIB/BBAC433

The Influence of Indisulam on Human Immune Effector Cells: Is a Combination with Immunotherapy Feasible?

Autoren: Lisa Arnet, Lisabeth Emilius, Annett Hamann, Maria Carmo-Fonseca, Carola Berking, Jan Dörrie, Niels Schaft
Veröffentlicht in: Pharmaceutics, Ausgabe 17, 2025, ISSN 1999-4923
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/PHARMACEUTICS17030368

Alternative splicing of modulatory immune receptors in T lymphocytes: a newly identified and targetable mechanism for anticancer immunotherapy

Autoren: Shay Tzaban, Ori Stern, Elad Zisman, Galit Eisenberg, Shiri Klein, Shoshana Frankenburg, Michal Lotem
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 15, 2025, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FIMMU.2024.1490035

Unveiling alternative splicing dynamics in activated T lymphocytes and their implications for immune checkpoint blockade efficacy

Autoren: Elad Zisman, Ori Stern, Reyut Lewis, Shay Tzaban 1, Thomas Eisenhaure, Sarah E Henrickson, Moshe Sade-Feldman, Shira Silberman-Klein, Galit Eisenberg, Nir Hacohen, Keren Yizhak, Michal Lotem
Veröffentlicht in: iScience, 2025, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/J.ISCI.2025

Transcriptome-wide splicing network reveals specialized regulatory functions of the core spliceosome

Autoren: Malgorzata E. Rogalska, Estefania Mancini, Sophie Bonnal, André Gohr, Bryan M. Dunyak, Niccolò Arecco, Peter G. Smith, Frédéric H. Vaillancourt, Juan Valcárcel
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 386, 2024, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/SCIENCE.ADN8105

Conference proceedings (1)

Human Gene Therapy

Autoren: S. Tzaban, P. Appasamy, E. Abdallah, R. Lewis, E. Zisman, S. Klein, R. Karni, G. Eisenberg, M. Lotem
Veröffentlicht in: International Conference on Lymphocyte Engineering, Ausgabe 4, 2023, ISSN 1043-0342
Herausgeber: Human Gene Therapy
DOI: 10.1089/hum.2023.29253.abstracts.index