Descripción del proyecto
Obtención de información sobre el envejecimiento a partir de la regulación transcripcional bacteriana
Los factores sigma son los principales constituyentes de la regulación de la transcripción en las bacterias, ya que desempeñan un papel clave en la regulación de la expresión génica como respuesta a los cambios ambientales. Podrían proporcionar información sobre la heterogeneidad del envejecimiento entre individuos, más allá de las bacterias y en diversas poblaciones, incluidos los seres humanos. La comprensión científica del control molecular del envejecimiento a través de vías genéticas y metabólicas no explica completamente esta heterogeneidad, que ha sido demostrada por las diferentes tasas y los patrones de envejecimiento e incluso observada con genética y entorno fijos. Con el apoyo de las Acciones Marie Skłodowska-Curie, el equipo del proyecto ASNet combinará técnicas experimentales de alta tecnología con modelos matemáticos para dilucidar las funciones y los mecanismos de los cuatro factores sigma en los procesos de envejecimiento de células bacterianas individuales.
Objetivo
Ageing is controlled at the molecular level via genetic and metabolic pathways. Ageing rates and patterns vary substantially even with fixed genetics and environment. However, molecular mechanisms of ageing generating individual heterogeneity are poorly understood. Stochastic dynamics of gene expression can be a main source of the variation in cellular damage dynamics leading to individual heterogeneity in ageing. The sigma factor regulatory networks constitute the core part of the bacterial gene expression networks and therefore play important role in deciding the fate of bacterial cells. In this project, I focus on exploring the role and interplays of four major sigma factors rpoD, rpoS, rpoH, rpoN in individual E. coli cells. I plan to (1) obtain these sigma factors’ expression dynamics and the demographic fates at individual E. coli cells in microfluidic platforms under fluorescent microscope; (2) process and analyze big image data in an automated manner; (3) develop mathematical models to interpret expression and demographic signals for damage and ageing. I will combine the knowledge and methods from the disciplines of molecular biology, genetics, fluorescent microscopy and microfluidics, machine learning, population and evolutionary dynamics and mathematical modelling to shed light on the link from stochastic expression dynamics in sigma factor regulatory network towards individual variations observed in ageing fates.
Ámbito científico
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
Palabras clave
Programa(s)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Régimen de financiación
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinador
14195 Berlin
Alemania