Tools and methods for extended plant PHENotyping and EnviroTyping services of European Research Infrastructures

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Modelling use case design and data

Modelling UC design and data: Direct result of both tasks reports the design of services to be deployed for digital twins & hybrid learning. For each UC it details the experimentation framework and (historical) data.

Beta version of code that automatically provides the distribution of EO variables in a geographical perimeter arount a field of interest, implemented on a PHENET site where SIGEC information is readily available

Work plan for the UCs
Communication, Dissemination and Exploitation Plan

Communication, Dissemination and Exploitation Plan.

Policy Brief

Policy brief

Draft of specification for phenotyping devices
Update on the progress of the UCs

Update on the progress of the Use Cases

Publications

Hybrid Phenology Modeling for Predicting Temperature Effects on Tree Dormancy

Auteurs: Ron Van Bree, Diego Marcos, Ioannis N. Athanasiadis
Publié dans: Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence, Numéro 39, 2025, ISSN 2374-3468
Éditeur: Association for the Advancement of Artificial Intelligence (AAAI)
DOI: 10.1609/AAAI.V39I27.35068

Soil-Gradient-Derived Bacterial Synthetic Communities Enhance Drought Tolerance in Quercus pubescens and Sorbus domestica Seedlings

Auteurs: Ivan Aleksieienko, Mariana Fernandes Hertel, Jérôme Reilhan, Marie de Castro, Bertrand Légeret, Halley Caixeta Oliveira, Ilja M. Reiter, Catherine Santaella
Publié dans: Plants, Numéro 14, 2025, ISSN 2223-7747
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/PLANTS14111659

The future role of regional research infrastructures and networks toward the global plant phenotyping community

Auteurs: Stijn Dhondt, Richard Dickmann, Sven Fahrner, Roland Pieruschka, Valerio Hoyos‐Villegas, Susie Robinson, Philipp von Gillhaussen
Publié dans: The Plant Phenome Journal, Numéro 8, 2025, ISSN 2578-2703
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/PPJ2.70048

Structured multimodal deep learning improves genomic prediction in future environments

Auteurs: Aike Potze, Fred van Eeuwijk, Ioannis N Athanasiadis
Publié dans: GENETICS, Numéro 234, 2026, ISSN 1943-2631
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/GENETICS/IYAG204

A review of the journey of field crop phenotyping: From trait stamp collections and fancy robots to phenomics-informed crop performance predictions

Auteurs: Lukas Roth, Afef Marzougui, Achim Walter
Publié dans: Journal of Plant Physiology, Numéro 311, 2025, ISSN 0176-1617
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JPLPH.2025.154542

The benefits and struggles of FAIR data: the case of reusing plant phenotyping data

Auteurs: Papoutsoglou, E.A., Athanasiadis, I.N., Visser, R.G.F., Finkers, R.
Publié dans: Scientific Data, Numéro 10, 2023, ISSN 2052-4463
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41597-023-02364-z

The benefits and struggles of FAIR data: the case of reusing plant phenotyping data

Auteurs: Evangelia A. Papoutsoglou, Ioannis N. Athanasiadis, Richard G. F. Visser, Richard Finkers
Publié dans: Scientific Data, Numéro 10, 2023, ISSN 2052-4463
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41597-023-02364-Z

Intercropping in Europe: a meta-analysis

Auteurs: Madhuri Paul
Publié dans: ARPHA Conference Abstracts, Numéro 8, 2025, ISSN 2603-3925
Éditeur: Pensoft Publishers
DOI: 10.3897/ACA.8.E152342

Computers and Electronics in Agriculture

Auteurs: Jingye Han, Liangsheng Shi, Qi Yang, Jin Yu, Ioannis N. Athanasiadis
Publié dans: Computers and Electronics in Agriculture, 2026, ISSN 0168-1699
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.FCR.2025.109912

Soil-Gradient-Derived Bacterial Synthetic Communities Enhance Drought Tolerance in Quercus pubescens and Sorbus domestica Seedlings

Assessment of Fusarium Head Blight on wheat using near infrared hyperspectral imaging under field conditions

Auteurs: Damien Vincke, Damien Eylenbosch, Anne Chandelier, Vincent Baeten, Benoît Mercatoris, Philippe Vermeulen
Publié dans: Smart Agricultural Technology, Numéro 12, 2026, ISSN 2772-3755
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.ATECH.2025.101426

Individual Segmentation of Intertwined Apple Trees in a Row via Prompt Engineering

Auteurs: Herearii Metuarea, François Laurens, Walter Guerra, Lidia Lozano, Andrea Patocchi, Shauny Van Hoye, Helin Dutagaci, Jeremy Labrosse, Pejman Rasti, David Rousseau
Publié dans: Sensors, Numéro 25, 2025, ISSN 1424-8220
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/S25154721

Implementing AI in Meta-analysis: Can domain-specific paper selection and data extraction be done effectively?

Auteurs: Madhuri Paul, Wopke van der Werf, Thomas Döring
Publié dans: 4th BioHackathon, de.NBI, 2026
Éditeur: 4th BioHackathon, de.NBI

Low-cost multispectral IoT sensors for in situ canopy reflectance measurements

Auteurs: Thomas, M., Mullens, V., Maes, A., Kenda, T., Defourny, P., Draye, X.
Publié dans: Phenet Annual Meeting, 2026
Éditeur: UCLouvain

Developing machine learning based models for soil parameters prediction and mapping using Vis-NIR spectroscopic data

Auteurs: Akos-Etele Csibi, Hans Sanden, Pavel Baykalov, Ruth Pereira, Anabel Cachada, Boris Rewald, David Perry
Publié dans: 2025
Éditeur: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/EGUSPHERE-EGU25-12259

Smart data for smart crops: Predicting performance with high-throughput phenotyping and modeling.

Auteurs: Martre, P
Publié dans: European Plant Phenotyping Symposium 2025, Bonn, Germany, July 13-14, 2025
Éditeur: EPPN

Leveraging on foundation deep neural models for individual apple tree segmentation in dense orchards via prompt engineering in RGB images

Auteurs: Herearii Metuarea, Julien Garnier, Kévin Guerif, Frédérique Didelot, François Laurens, Ludovic Bervas, Pejman Rasti, Helin Dutagaci, David Rousseau
Publié dans: 9th Workshop on Computer Vision in Plant Phenotyping and Agriculture (CVPPA), ECCV 2024 — Extended Abstracts, 2024
Éditeur: Springer Nature

Within-field Spatial Heterogeneity of Crop Growth from Multi-year Green Area Index Time Series Analysis

Auteurs: Kenda, T., Champagne, C., Draye, X., Defourny, P.
Publié dans: EO FOR AGRICULTURE UNDER PRESSURE, 2024
Éditeur: UCLouvain

Multi-frequency SAR time series for the detection of sowing events and early-season crop classification

Auteurs: Boland, B., Kenda, T., Bouchat, J., Defourny, P.
Publié dans: Living Planet Symposium 2025, 2025
Éditeur: Living Planet Symposium 2025

Phenotyping From Space: Evaluating Very High-Resolution Satellite-Based Trait Estimation in Winter Wheat Microplot Trials

Auteurs: Kenda, T., McAneny, R., Lopez-Lozano, R., Quesney, A., Weiss, M., Draye, X., Defourny, P.
Publié dans: European Plant Phenotyping Symposium, 2025
Éditeur: UCLouvain

Foreground-Aware Zero-Shot Plant Trait Segmentation in Trellised Crops Using Side View Monocular RGB Images

Auteurs: Abdoul Djalil Ousseini Hamza, Herearii Metuarea, Corentin Lothodé, Morgane Roth, Eric Duchêne, Lionel Ley, David Allétru, David Marc Rousseau
Publié dans: 11th Workshop on Computer Vision in Plant Phenotyping and Agriculture (CVPPA), ECCV 2026 — Extended Abstract, 2026
Éditeur: Open Review

A Layer-wise Analysis of Plant-Specialized Vision Transformers

Auteurs: Simon Ravé, Jean-Christophe Lombardo, Pejman Rasti, Alexis Joly, David Rousseau
Publié dans: RFIAP 2026 – Reconnaissance des Formes, Image, Apprentissage et Perception, 2026
Éditeur: University of Angers

OpenAlea 3.0: from ecophysiological models to community-driven use cases

Auteurs: Arsouze, Bauget, Besnier, Acker, Barillot, Bozonnet, Boudon, Boursiac, Bertheloot, Braud, Chelle, Delivoras, Durand, Fernandez, Gawinowski, Gérault, Godin, Maurel, Jullien, Louarn, Muller, Pallas, Pacitti, Perthame, Rees, Richard-Molard, Robert, Saudreau,
Publié dans: 11th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM), Numéro 116-117
Éditeur: Christian Fournier, Christophe Pradal & Jean-Baptiste Durand.

Can plant traits explain the performance of an intercropping system? A wheat-pea field experiment

Auteurs: Timaeus Johannes, Weedon Odette, Finckh Maria
Publié dans: Mitteilungen der Gesellschaft für Pflanzenbauwissenschaften, 2023
Éditeur: Gesellschaft für Pflanzenbauwissenschaften (German Society for Crop Science).

Can wheat architectural organ traits be estimated from field data with a Plant Model approach ?

Auteurs: Besnier, Lopez Lozano, Fournier, Pradal
Publié dans: 11th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM), Numéro 112-113, 2026
Éditeur: Christian Fournier, Christophe Pradal & Jean-Baptiste Durand.

Intercropping in Europe: a systematic mapping study of arable grain crops

Auteurs: Johannes Timaeus, Wopke van der Werf, Thomas Döring
Publié dans: "18th Congress of the European Society for Agronomy: ""Synergies for a resilient future: from knowledge to action"", Book of Abstracts (pp. 196–197). Rennes, France: The Couvent des Jacobins. Presenter: Madhuri Paul (mpaul1@uni-bonn.de).", 2024
Éditeur: 18th Congress of the European Society for Agronomy

Modeling Branching Processes Along Axes in Fruit Tree FSPMs: From Markov Chains to Transformers

Auteurs: Leclerc, Davenne, Costes, Durand, Beurier, Pradal, Boudon
Publié dans: 11th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM), Numéro 71-72, 2026
Éditeur: Christian Fournier, Christophe Pradal & Jean-Baptiste Durand.

MPM: Mutual Pair Merging for Efficient Vision Transformers

Auteurs: Simon Ravé, Pejman Rasti, David Rousseau
Publié dans: Proceedings of the IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR) Findings, Numéro 2998–3008, 2026
Éditeur: IEEE / Computer Vision Foundation

How Merge-Tolerant Are Vision Transformers for Wheat Phenotyping?

Auteurs: Simon Ravé, Pejman Rasti, David Rousseau
Publié dans: 11th Workshop on Computer Vision in Plant Phenotyping and Agriculture (CVPPA), ECCV 2026, 2026
Éditeur: Springer

Multispectral Imagery for Forest Conditions Monitoring of a Pilot Watershed in the Vosges, France

Auteurs: Wijesingha, J. – Supervisors: P. Defourny, M. Thomas, T. Kenda
Publié dans: UCLouvain – Master's thesis
Éditeur: UCLouvain

Quelle plus-value agronomique pour la pratique culturale de l'intercropping en Wallonie ? Analyse statistique pluriannuelle fondée sur les données de télédétection et du SIGeC

Auteurs: Loriau, M.-H. – Supervisors: X. Draye, P. Defourny
Publié dans: UCLouvain – Master's thesis, 2025
Éditeur: UCLouvain

Are differences between intercropping and monoculture practices reflected in satellite imagery data ? The Wallonia case

Auteurs: Blondel, A. – Supervisors: X. Draye, P. Defourny
Publié dans: UCLouvain – Master's thesis, 2025
Éditeur: UCLouvain

Soil tillage detection performances using Sentinel time series and Copernicus product in Wallonia

Auteurs: Baladi, M. – Supervisors: P. Defourny, T. Kenda
Publié dans: UCLouvain – Master's thesis, 2025
Éditeur: UCLouvain

Premiers tests d'un système IoT autonome et low-cost pour le phénotypage en parcelle d'agriculteur

Auteurs: Evrard, C. – Supervisors: P. Defourny, X. Draye
Publié dans: UCLouvain – Master's thesis, 2025
Éditeur: UCLouvain

Calibration procedure and metrological evaluation of a low-cost, multispectral IoT sensor for canopy reflectance measurements

Auteurs: Mullens, V. – Supervisors: P. Defourny, X. Draye
Publié dans: UCLouvain – Master's thesis, 2026
Éditeur: UCLouvain

Near-real time GAI retrieval for yield-predictive stages in winter wheat in Wallonia using optical and radar Sentinel products

Auteurs: Guamán Viveros, A. – Supervisors: P. Defourny, T. Kenda, Q. Deffense
Publié dans: UCLouvain – Master's thesis, 2025
Éditeur: UCLouvain

MixINN: Accelerating plant breeding by combining mixed models and deep learning for interaction prediction

Auteurs: Aike Potze, Fred van Eeuwijk, Ioannis N. Athanasiadis
Publié dans: arXiv, 2026
Éditeur: arXiv
DOI: 10.48550/ARXIV.2605.04744

Soil in ecological & agroecological settings

Auteurs: Ilja M. Reiter
Publié dans: PHENET webinar 4 : Digging into the complexity of soil components, Numéro 13.12.2024, 2024
Éditeur: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.15194201

Sustainable Funding in EMPHASIS as a Distributed Research Infrastructure

Auteurs: Sven Fahrner, Roland Pieruschka
Publié dans: Management for Professionals, Research Infrastructure Management, 2026
Éditeur: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-032-20373-1_9

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