Projektbeschreibung
Biomarker für maligne hämatologische Erkrankungen
Epigenetische Modifikationen von Cytosinresten auf der DNS deuten auf die Modulation der Gentranskription hin. 5-Hydroxymethylcytosin (5hmC) ist der erste Schritt zur Aufhebung der genunterdrückenden 5-Methylcytosin-Markierung (5mC) und könnte als Biomarker für Krankheiten dienen. Das vom Europäischen Forschungsrat finanzierte Projekt BASE6 ist an der Entwicklung eines DNS-Chips zur Analyse der 5hmC-Verteilung beim gesunden und kranken Menschen interessiert. Die aufgebaute Plattform wird zu geringeren Kosten bereitgestellt und soll die Forschung zur Entdeckung von Krebs- und weiteren Krankheitsbiomarkern vorantreiben. Langfristig soll die BASE6-Lösung sowohl in der Diagnostik als auch in der Therapieüberwachung von Krankheiten zum Einsatz kommen.
Ziel
5-hydroxymethylcytosine (5hmC) is an oxidized form of 5-methylcytosine (5mC). It is the first step of reversing DNA methylation and an important indicator of dynamic epigenetic changes in genomic DNA. One characteristic of cancerous transformations is dramatic modulation of the epigenomic landscape. Consequently, changes in the distribution of 5hmC have been shown to correlate with a broad range of cancers and is potentially a powerful disease biomarker. Nevertheless, existing methods for mapping 5hmC are complex and expensive thus hindering the translation of 5hmC research into clinical use. This project aims at developing a custom DNA chip for 5hmC that will allow cost-effective and targeted analysis of disease biomarkers. We will use our patented procedure for direct fluorescent labeling of 5hmC in combination with commercially available genome-wide microarrays to create maps of 5hmC distribution in health and disease. These large-scale arrays will be used in the discovery phase to identify cancer biomarkers. In the second phase, only the subset of genomic loci that contain medically significant modulation in 5hmC will be used to design and print a custom microarray containing only the relevant probes. This concept predicts a cost reduction of 10-100 fold which will remove the barriers for large scale research and high volume testing. Disease specific diagnostic chips are attractive products with direct impact on society and economy via promoting more accessible testing and patient management. Our preliminary results indicate that we will be able to offer a universal platform for even the most challenging samples including cell-free DNA analysis from liquid biopsies. We envision it as an enabling technology for 5hmC research, biomarker discovery and companion diagnostics for guiding and monitoring therapy.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Das Projektteam hat die Klassifizierung dieses Projekts bestätigt.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Das Projektteam hat die Klassifizierung dieses Projekts bestätigt.
Programm/Programme
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Thema/Themen
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
(öffnet in neuem Fenster) ERC-2022-POC2
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Israel