Projektbeschreibung
Genomische Triebkräfte pathogener E. coli aufdecken
Extraintestinale pathogene Escherichia coli (ExPEC) sind eine Untergruppe von E. coli-Stämmen, die im Gegensatz zu typischen E. coli Infektionen außerhalb des Darmtrakts verursachen können. ExPEC-Stämme sind eine der Hauptursachen für therapieassoziierte Infektionen und häufig resistent gegenüber gängigen Antibiotika, was die Behandlung von Infektionen erschwert. Das Ziel des im Rahmen der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen unterstützten Projekts EXCELLGEN besteht darin, genomische Merkmale zu erforschen, welche die Physiologie, das Wachstum und den Stoffwechsel von ExPEC beeinflussen können. Das Forschungsteam wird eine Datenbank ExPEC-spezifischer Regionen erstellen, um einen groß angelegten Vergleich mit anderen E. coli-Genomen durchzuführen und Regionen zu ermitteln, die nur bei ExPEC vorhanden sind. Die Auswirkungen dieser Regionen auf den Phänotyp und die zugrunde liegenden molekularen Mechanismen werden wesentliche Erkenntnisse über die Physiologie und das Management von ExPEC liefern.
Ziel
Extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) are one of the greatest challenges for the healthcare system, with a frightening prognosis for the future. Despite being heavily studied in recent years, no unifying principle explaining their success has been identified. Only limited attention has been paid to the additional genomic properties of ExPEC strains that are not virulence factors or antimicrobial resistance genes. I aim to demonstrate that these additional genomic features lead to alterations in cellular features (related to physiology, growth ability and metabolism) that contribute to ExPEC (pathogenic) success. To do so, I will first setup a database of ExPEC specific regions and use this to perform an unbiased large-scale screen comparing them to publicly available E. coli genomes. This analysis will yield specific genomic regions that can be confidently assigned to ExPEC or ExPEC subgroups. To further demonstrate the biological significance of these regions, high-throughput single-cell phenomics will be employed to quantitatively examine specific strains of interest across different growth conditions and identify the genes or groups of genes present in the ExPEC specific regions associated with specific phenotypic alterations. Finally, the identified genomic regions will be further characterized using a deep mutational scanning approach to uncover the exact molecular mechanisms that underlie phenotypic alterations of pathogenic strains in comparison to their non-pathogenic counterparts. I expect this project to bring much-needed insights into ExPEC physiology, linking it with its specific genomic background. Such fundamental knowledge will contribute to managing ExPEC more effectively in the future.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Datenbank
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Grundlagenmedizin Physiologie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
3000 Leuven
Belgien
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.