Descrizione del progetto
Scoprire i fattori genomici dell’Escherichia coli patogeno
L’Escherichia coli patogeno extra-intestinale (ExPEC) è un sottogruppo di ceppi di E. coli che può causare infezioni al di fuori del tratto intestinale, a differenza dell’Escherichia coli tipico. I ceppi ExPEC sono una delle principali cause di infezioni associate all’assistenza sanitaria e spesso sono resistenti ai comuni antibiotici, rendendo le infezioni più difficili da trattare. Con il sostegno del programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto EXCELLGEN intende esplorare le caratteristiche genomiche che possono influenzare la fisiologia, la crescita e il metabolismo degli ExPEC. Il team di ricerca creerà un database di regioni specifiche degli ExPEC per condurre un confronto su larga scala con altri genomi di E. coli, identificando le regioni uniche degli ExPEC. L’impatto di queste regioni sul fenotipo e sui meccanismi molecolari sottostanti forniranno approfondimenti essenziali sulla fisiologia e la gestione degli ExPEC.
Obiettivo
Extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) are one of the greatest challenges for the healthcare system, with a frightening prognosis for the future. Despite being heavily studied in recent years, no unifying principle explaining their success has been identified. Only limited attention has been paid to the additional genomic properties of ExPEC strains that are not virulence factors or antimicrobial resistance genes. I aim to demonstrate that these additional genomic features lead to alterations in cellular features (related to physiology, growth ability and metabolism) that contribute to ExPEC (pathogenic) success. To do so, I will first setup a database of ExPEC specific regions and use this to perform an unbiased large-scale screen comparing them to publicly available E. coli genomes. This analysis will yield specific genomic regions that can be confidently assigned to ExPEC or ExPEC subgroups. To further demonstrate the biological significance of these regions, high-throughput single-cell phenomics will be employed to quantitatively examine specific strains of interest across different growth conditions and identify the genes or groups of genes present in the ExPEC specific regions associated with specific phenotypic alterations. Finally, the identified genomic regions will be further characterized using a deep mutational scanning approach to uncover the exact molecular mechanisms that underlie phenotypic alterations of pathogenic strains in comparison to their non-pathogenic counterparts. I expect this project to bring much-needed insights into ExPEC physiology, linking it with its specific genomic background. Such fundamental knowledge will contribute to managing ExPEC more effectively in the future.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
- scienze naturaliinformatica e scienze dell'informazionebasi di dati
- scienze mediche e della salutemedicina di basefisiologia
È necessario effettuare l’accesso o registrarsi per utilizzare questa funzione
Parole chiave
Programma(i)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Invito a presentare proposte
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
Vedi altri progetti per questo bandoMeccanismo di finanziamento
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinatore
3000 Leuven
Belgio