Description du projet
Analyse de l’ADN environnemental pour l’évaluation de l’environnement benthique des grands fonds
Quantifier l’impact de l’homme sur les systèmes marins est crucial, mais l’évaluation du biome des grands fonds pose des problèmes. L’analyse de l’ADN environnemental n’est pas encore prête pour une intégration politique. Le projet HaploSEA, soutenu par le programme Actions Marie Sklodowska-Curie, évalue les communautés benthiques des grands fonds par le biais de la diversité méta-génétique. Le projet effectuera des analyses approfondies de métabarcodage des bactéries, des archées, des eucaryotes unicellulaires et des métazoaires afin d’explorer les variations spatiales et temporelles naturelles dans des communautés entières. L’hybridation permettra de recueillir du matériel génétique en vue d’une reconstruction complète des gènes, et des sondes spécifiques pour les groupes d’indicateurs biotiques seront développées. Le projet s’appuiera sur la base de données de métabarcodage eDNAbyss d’Ifremer, échantillonnera les grands fonds le long d’un gradient de perturbation en utilisant une technologie sous-marine avancée, évaluera les approches et proposera leur application pour les évaluations environnementales.
Objectif
Measuring anthropogenic impacts on marine systems is of significant interest to stakeholders across the globe. Yet, assessing the ecological status of deep-sea habitats, the earth's largest biome, is challenging. Implementing environmental DNA analysis into environmental policy is desired and timely but not yet ready. HaploSEA is evaluating the use of meta-genetic diversity for biological assessments of deep-sea benthic communities. These include four novel approaches: (I) Performing holistic metabarcoding analyses including bacteria and archaea, unicellular eukaryotes, and metazoans to analyze natural spatial and temporal variability of entire communities. (II) Including haplotype diversity as a new parameter to describe ecosystems. (III) Establish a generic protocol to define genetic indicator groups based on their intraspecific diversity. (IV) Including capture by hybridization, a novel method for full gene reconstruction, and designing specific capture probes for biotic indicator groups of cyanobacteria, foraminifera, and nematodes. For analyses, we will benefit from a unique metabarcoding database (eDNAbyss, Ifremer) with global coverage and 1500 samples from all ocean basins, which are standardized, analyzed, and processed for five-gene regions. Using state-of-the-art underwater technology, we will sample in the deep sea along a disturbance gradient to collect samples for analysis via the above novel approaches. Finally, I will evaluate the suggested approaches and outline their future use for meta-genetic environmental assessments. HaploSEA is an interactive and multidisciplinary project combining expertise and facilities at top European institutes in deep-sea marine science (Ifremer, GEOMAR, and MARUM). This setup combines specialists from different fields, technical backgrounds, and taxonomic groups to share different perspectives and novel approaches.
Champ scientifique
Mots‑clés
Programme(s)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Régime de financement
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinateur
24148 Kiel
Allemagne