Descrizione del progetto
Analisi del DNA ambientale per la valutazione dell’ambiente bentonico nelle profondità marine
Misurare l’impatto umano sui sistemi marini è fondamentale, ma la valutazione del bioma delle profondità marine è un compito intriso di difficoltà. L’implementazione dell’analisi del DNA ambientale non è ancora pronta per essere integrata nelle politiche. Con il sostegno del programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto HaploSEA valuta le comunità bentoniche che vivono nelle profondità marine mediante lo studio della diversità metagenetica. Il progetto condurrà approfondite analisi basate sul metabarcoding di batteri, archei, eucarioti unicellulari e metazoi per esplorare le variazioni naturali spaziali e temporali di intere comunità. L’ibridazione catturerà il materiale genetico per effettuare una ricostruzione completa dei geni, sviluppando inoltre sonde specifiche per i gruppi di indicatori biotici. Il progetto utilizzerà il database di metabarcoding eDNAbyss di Ifremer, campionerà le profondità marine lungo un gradiente di disturbo utilizzando tecnologie subacquee avanzate, valuterà gli approcci adottati e proporrà la loro applicazione ai fini delle valutazioni ambientali.
Obiettivo
Measuring anthropogenic impacts on marine systems is of significant interest to stakeholders across the globe. Yet, assessing the ecological status of deep-sea habitats, the earth's largest biome, is challenging. Implementing environmental DNA analysis into environmental policy is desired and timely but not yet ready. HaploSEA is evaluating the use of meta-genetic diversity for biological assessments of deep-sea benthic communities. These include four novel approaches: (I) Performing holistic metabarcoding analyses including bacteria and archaea, unicellular eukaryotes, and metazoans to analyze natural spatial and temporal variability of entire communities. (II) Including haplotype diversity as a new parameter to describe ecosystems. (III) Establish a generic protocol to define genetic indicator groups based on their intraspecific diversity. (IV) Including capture by hybridization, a novel method for full gene reconstruction, and designing specific capture probes for biotic indicator groups of cyanobacteria, foraminifera, and nematodes. For analyses, we will benefit from a unique metabarcoding database (eDNAbyss, Ifremer) with global coverage and 1500 samples from all ocean basins, which are standardized, analyzed, and processed for five-gene regions. Using state-of-the-art underwater technology, we will sample in the deep sea along a disturbance gradient to collect samples for analysis via the above novel approaches. Finally, I will evaluate the suggested approaches and outline their future use for meta-genetic environmental assessments. HaploSEA is an interactive and multidisciplinary project combining expertise and facilities at top European institutes in deep-sea marine science (Ifremer, GEOMAR, and MARUM). This setup combines specialists from different fields, technical backgrounds, and taxonomic groups to share different perspectives and novel approaches.
Campo scientifico
Parole chiave
Programma(i)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Meccanismo di finanziamento
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinatore
24148 Kiel
Germania