Opis projektu
Analiza środowiskowego DNA jako narzędzie oceny środowiska bentosowego
Ocena wpływu człowieka na ekosystemy morskie jest niezwykle ważna, jednakże utrudnia ją brak narzędzi do analizy biomu głębokowodnego. Co więcej, wdrożenie analizy środowiskowego DNA znajduje się jeszcze na zbyt wczesnym etapie, aby można było tę technikę uwzględnić w polityce. Nad tym problemem pracuje korzystający ze wsparcia działań „Maria Skłodowska-Curie” zespół projektu HaploSEA, który przeprowadza ocenę głębokowodnych społeczności bentosowych na podstawie różnorodności metagenetycznej. W ramach projektu przeprowadzone zostaną dokładne analizy wykorzystujące metabarkodowanie bakterii, archeonów, jednokomórkowych eukariontów, a także tkankowców w celu zbadania naturalnie występującej zmienności przestrzennej i czasowej w przekroju całych społeczności. Hybrydyzacja pozwoli uchwycić materiał genetyczny na potrzeby pełnej rekonstrukcji genów; ponadto naukowcy opracują specjalne sondy do wykrywania grup wskaźników biotycznych. W ramach projektu zespół wykorzysta bazę danych metabarkodowania eDNAbyss prowadzoną przez instytut Ifremer, pobierze próbki z głębin morskich wzdłuż gradientu zakłóceń przy użyciu zaawansowanej technologii podwodnej, a następnie oceni zastosowane metody i zaproponuje sposób, w jaki można je wykorzystać na potrzeby ocen środowiskowych.
Cel
Measuring anthropogenic impacts on marine systems is of significant interest to stakeholders across the globe. Yet, assessing the ecological status of deep-sea habitats, the earth's largest biome, is challenging. Implementing environmental DNA analysis into environmental policy is desired and timely but not yet ready. HaploSEA is evaluating the use of meta-genetic diversity for biological assessments of deep-sea benthic communities. These include four novel approaches: (I) Performing holistic metabarcoding analyses including bacteria and archaea, unicellular eukaryotes, and metazoans to analyze natural spatial and temporal variability of entire communities. (II) Including haplotype diversity as a new parameter to describe ecosystems. (III) Establish a generic protocol to define genetic indicator groups based on their intraspecific diversity. (IV) Including capture by hybridization, a novel method for full gene reconstruction, and designing specific capture probes for biotic indicator groups of cyanobacteria, foraminifera, and nematodes. For analyses, we will benefit from a unique metabarcoding database (eDNAbyss, Ifremer) with global coverage and 1500 samples from all ocean basins, which are standardized, analyzed, and processed for five-gene regions. Using state-of-the-art underwater technology, we will sample in the deep sea along a disturbance gradient to collect samples for analysis via the above novel approaches. Finally, I will evaluate the suggested approaches and outline their future use for meta-genetic environmental assessments. HaploSEA is an interactive and multidisciplinary project combining expertise and facilities at top European institutes in deep-sea marine science (Ifremer, GEOMAR, and MARUM). This setup combines specialists from different fields, technical backgrounds, and taxonomic groups to share different perspectives and novel approaches.
Dziedzina nauki
Słowa kluczowe
Program(-y)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Zaproszenie do składania wniosków
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszeniaSystem finansowania
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsKoordynator
24148 Kiel
Niemcy