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Characterizing the chromatin landscape of Spinal Muscular Atrophy in response to AAV9 mediated gene therapy

Projektbeschreibung

Epigenomveränderungen im Verlauf einer Gentherapie bei spinaler Muskelatrophie

Spinale Muskelatrophie ist eine bei Kindern auftretende neurodegenerative Erkrankung, die durch den Verlust von Motoneuronen gekennzeichnet ist. Das ursächliche Gen, Survival of Motor Neuron 1 (SMN1), wird in allen Zellen exprimiert und spinale Muskelatrophie betrifft viele Organsysteme. Zolgensma ist eine kürzlich zugelassene AAV9-vermittelte SMN1-Gentherapie. Das verabreichte AAV9-SMN1 muss, um eine wirksame Behandlung zu erreichen, die native Regulierung des genomischen SMN1 nachahmen. Das Ziel des im Rahmen der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen finanzierten Projekts EpiAAVTherapy besteht darin, die epigenomische Reaktion auf eine Gentherapie bei spinaler Muskelatrophie zu verstehen. Geplant sind die Erstellung eines Profils der epigenetischen Veränderungen während des Krankheitsverlaufs und der Gentherapie bei Mäusen sowie die Bewertung der Rolle verschiedener Strukturen im Vektor bei der epigenetischen Regulierung von AAV-vermittelter episomaler DNS.

Ziel

Spinal muscular atrophy (SMA) is a fatal neurodegenerative disorder in children, characterized by motor neuron loss and atrophy of muscle. However, SMA affects many organ systems, since the causal gene, SMN1, is expressed in all cells. Recently, an AAV9-mediated gene therapy, Zolgensma, was approved. However, challenges remain. To be effective, the systemically delivered AAV9- SMN1 needs to mimic the native regulation of the genomic SMN1. In fact, recent findings demonstrated that delivery of AAV-SMN1 under the control of the ubiquitous viral promoter CMV found in Zolgensma eventually caused death of neurons in a mouse model of SMA. To date, there has been no systematic categorization of how treatment with SMN1 is regulated in different tissues through development. Furthermore, little is understood about the chromatin changes that occur during SMA, how gene therapy impacts the long-term stability of patients epigenomes, or how the AAV-delivered DNA is epigenetically controlled over time. The goal of the proposed work is to understand how the epigenome reacts to gene therapy, using SMA as a model. To do so I will: i) profile the epigenetic changes during SMA disease progression in mice, before and after gene therapy, ii) evaluate the role of various promoter-enhancer structures in the vector on the epigenetic regulation of AAV-delivered episomal DNA and iii) test if endogenous promoter-enhancer combinations can be used to achieved a better tuning of the delivered gene. The proposed project combines the expertise of Dr. Piera Smeriglio in SMA models, neuromuscular disorders and gene therapy with my expertise in epigenetic profiling, gene regulation, functional genomics, and single-cell technologies. AAV gene therapies are poised to have a huge impact on rare diseases, a key priority of the Horizon Europe programme, making now a critical time to understand their effect on the epigenome and cell regulatory networks to increase the efficacy and safety of their use.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

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