Projektbeschreibung
Transkriptions-„Film“ über mehreren Ebenen von Raum und Zeit
Bei der Entwicklung von Säugetierembryonen findet ein außergewöhnlich komplexer und gut orchestrierter Tanz statt, an dem das genetische Material im Zellkern, die DNS, und regulatorische Moleküle beteiligt sind. Die Schritte dieses Tanzes erstrecken sich über relativ große Zeit- und Entfernungsmaßstäbe, und die Nuancen sind schwierig aufzuzeichnen und zu erforschen. Das Ziel des ERC-finanzierten Projekts DynaTrans besteht darin, optische, molekulargenomische und theoretische Instrumente zu kombinieren, die auf neuerdings verfügbare Pseudo-Embryonen von Säugetieren angewandt werden, um die der Genregulierung während der Entwicklung zugrunde liegenden dynamischen Mechanismen ans Licht zu bringen. Die Arbeiten werden die Nachverfolgung der Transkriptionsaktivierung, der DNS-Wechselwirkungen und der Chromatindynamik in Echtzeit sowie die Entwicklung mathematischer Modelle zur gleichzeitigen Erfassung von Chromatinumlagerungen in langen Zeiträumen und Bewegungen genetischer Regulierungselemente in kurzen Zeiträumen und der Transkriptionsaktivität umfassen.
Ziel
During mammalian embryogenesis, key events involving DNA and regulatory molecules over seconds and nanometers affect and are affected by, a major reorganization of the genetic material in the nucleus over hours and micrometers. How these scales are spanned and integrated into the course of development remains a major unresolved challenge. Progress in this quest is difficult, either because current model systems suffer from severe technical limitations or because existing analytical approaches probe individual spatial or temporal scales thus ignoring their evolving interactions. Traditional live imaging lacks the spatial resolution to accurately delineate chromosome organization at the scale of genes, while bulk molecular assays are ill-suited for studying development over time. Here, we propose a multi-disciplinary approach to the dynamics of developmental gene regulation to understand the details of the underlying mechanisms and their deployment over time. We combine and apply optical, molecular-genomic, and theoretical tools to recently available mammalian pseudo-embryos, allowing unprecedented precision in developmental staging, a large amount of material, and easy optical access. By focusing on select gene loci we track transcriptional activation and the interactions of distal DNA elements in real-time along with the associated chromatin dynamics using interaction profiles. Our datasets are iteratively distilled into mathematical models of increasing scope, converging towards an integrative dynamic polymer model that simultaneously captures long-timescale chromatin rearrangements as well as short-timescale motions of genetic regulatory elements and transcriptional activity. We then challenge these models via genome editing and temporally defined interventions by building light-controlled tools to affect the chromosome landscape. This project aims to reshape our view of how genes are regulated during mammalian development.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- NaturwissenschaftenBiowissenschaftenGenetikDNS
- NaturwissenschaftenBiowissenschaftenEntwicklungsbiologie
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- NaturwissenschaftenBiowissenschaftenGenetikChromosom
- NaturwissenschaftenBiowissenschaftenGenetikGenom
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Schlüsselbegriffe
Programm/Programme
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Thema/Themen
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(öffnet in neuem Fenster) ERC-2023-SyG
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Frankreich