Descrizione del progetto
Reti genetiche, regolazione del livello degli amminoacidi e percorsi cellulari «nascosti»
Negli ultimi anni, nuovi strumenti hanno permesso di comprendere a fondo grandi gruppi di geni che lavorano insieme. Tuttavia, non forniscono indicazioni sulla regolazione genetica a livello di domini proteici o di singoli aminoacidi. Inoltre, importanti vie e processi cellulari possono essere «mascherati» dallo stato della cellula o dall’interferenza di altri geni. Il progetto DeepGenetics, finanziato dal CER, intende gettare nuova luce sulle reti geniche e sulla regolazione dei fenotipi cellulari a livello di aminoacidi. Il lavoro comprenderà la conduzione di uno studio completo a livello genico della regolazione dei fenotipi cellulari, l’identificazione dei geni «mascheranti» e la scoperta dei loro processi mascherati. Inoltre, collegherà i fenotipi ai domini funzionali delle proteine e, in ultima analisi, agli aminoacidi.
Obiettivo
Human genes are organized in complex networks, to produce thousands of proteins to perform a myriad of functions. Whereas we have detailed maps for most biochemical pathways, the wiring of genetic networks in human cells is poorly understood.
Development of powerful human genetic tools (CRISPR, RNAi, haploid cells), to which I made crucial contributions, have proven invaluable to study genetic networks. However, they face two major limitations. First, they provide information at the gene level, whereas it will be much more informative to understand genetic regulation at the level of protein domains or individual amino acids. Second, important biology can be masked – for example, by the cell state or interfering activity of other genes.
With DeepGenetics we will bring our understanding of the genetic regulation of cellular phenotypes to the next level and mine ‘hidden biology’ that even impacts on well-studied cellular traits. We will (i) counterbalance the use of loss-of-function and gain-of-function genetics to obtain a solid gene-level inventory on the regulation of cellular phenotypes; (ii) identify genes that ‘mask’ unknown biology and use modifier screens to expose and define these processes – as we have recently exemplified in my group leading to the discovery of important new cellular pathways, and (iii) connect phenotypes to the functional protein domains and ultimately to the amino acid level.
Thus, DeepGenetics will provide precise views on the regulation of key cellular phenotypes at the amino acid level and will cross the boundaries of our knowledge by exposing ‘hidden biology’.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Programma(i)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Argomento(i)
Invito a presentare proposte
(si apre in una nuova finestra) ERC-2023-ADG
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HORIZON-ERC -Istituzione ospitante
1066 CX Amsterdam
Paesi Bassi