Description du projet
Les mutations cachées dans les maladies génomiques rares
Plus de 200 millions de personnes dans le monde souffrent de maladies génomiques rares (MGR), mais moins de la moitié d’entre elles ont été soumises à un test diagnostic moléculaire. Des millions de personnes se retrouvent ainsi confrontés à de très longs parcours diagnostiques, ce qui limite les possibilités de soins personnalisés. De nouvelles recherches mettent en évidence le rôle des mutations complexes de l’ADN, en particulier les variations structurelles (VS) et les répétitions en tandem courtes (RTC), dans de nombreuses MGR non diagnostiquées. Ces changements génétiques, qui s’étendent sur plusieurs paires de bases, demeurent mal compris. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet DETECT-SV-RD aborde ce problème en analysant plus de 1 400 génomes à l’aide de technologies avancées de séquençage et de cartographie optique du génome. Globalement, le projet entend identifier des VS et des RTC, même dans des régions génomiques complexes, et intégrer les résultats aux données cliniques afin d’améliorer les taux de diagnostic.
Objectif
Rare Genomic Diseases (RGDs) affect >200 million individuals globally, however less than half of patients receive a molecular diagnosis, forcing millions into year-long diagnostic odysseys, and limiting the possibilities for personalized care. New studies suggest that forms of DNA mutation affecting many base pairs of at once, so-called 'Structural Variations' (SVs) and 'Short Tandem Repeats' (STRs) may play a dominant role in the biological underpinnings of many undiagnosed RGDs.
The DETECT-SV-RD project will utilise one of the largest-to-date RD-patient datasets, containing >1,400 genomes obtained by latest long-read sequencing and optical genome mapping technologies, to identify the full spectrum of SVs and better understand their impact on disease formation. To achieve this, a new computational workflow for detecting SVs will be developed, which will have a special focus on mutations that occur in the most complex, repeat-rich regions of the human genome. Using these technological advances, SVs and STRs will be identified across all patients, and carefully characterized in terms of their rarity, the properties of their breakpoints and likely biological formation mechanisms. Lastly, these insights will be combined with orthogonal 'omics' and phenotypic data to gain new insights into the underlying biology of rare diseases. In collaboration with the diagnostic department at Radboudumc, new genetic tests for SVs and STRs will finally be implemented to improve patient care.
The project will, for the first time, assess the effect of SVs and STRs even in complex genomic regions comprehensively and provide an estimate for their involvement in the formation of RDs in general, as well as likely a better understanding of previously undiagnosed RDs. The project will thus contribute to improving the rate of correct RD diagnoses in the future, providing substantial emotional and physical relief to affected patients and their families.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- sciences naturellessciences biologiquesgénétiqueADN
- sciences naturellessciences biologiquesgénétiquemutation
- sciences naturellessciences biologiquesgénétiquegénome
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Mots‑clés
Programme(s)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2023-PF-01
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HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinateur
6525 GA Nijmegen
Pays-Bas