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Deciphering the Recognition, Recruitment and Modification of structured lncRNAs by the methyl-transferase complex METTL3/METTL14 and its cofactors

Descrizione del progetto

Scoprire come l’RNA modella la regolazione genica

La metilazione è un processo vitale che regola il funzionamento dei geni e il complesso delle metiltransferasi METTL3/METTL14 (MTC) svolge un ruolo chiave in questo senso. Questo complesso modifica gli RNA lunghi non codificanti (lncRNA) come Xist e MALAT1, che sono collegati allo sviluppo del cancro. Gli scienziati non dispongono però di conoscenze strutturali dettagliate sul modo in cui l’MTC interagisce con questi RNA. Questa lacuna è particolarmente evidente per i cofattori che legano l’RNA, come RBM15 e ZC3H13, il cui ruolo è poco conosciuto. Il progetto RRMs-lncRNA, sostenuto dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, si propone di scoprire come la MTC e i suoi cofattori modificano gli lncRNA strutturati. Utilizzando tecniche avanzate, il progetto rivelerà come le diverse parti del complesso lavorano insieme, facendo luce su processi cruciali che potrebbero informare le future terapie contro il cancro.

Obiettivo

The human METTL3/METTL14 methyltransferase complex (MTC) is responsible for the m6A methylation of a large set of RNAs, and plays a crucial role in tumorigenesis. It targets numerous long non-coding RNAs (lncRNAs), including Xist and MALAT1. To date, studies have only considered single-stranded RNA motifs, and a critical need for structural information on the complex in interaction with lncRNA has grown over the years. METTL3 and METTL14 form a heterodimer through their catalytic domains (MTDs). Additionally, each monomer comprises flexible regions that are essential to the complex activity but have been truncated because of their dynamics: the METTL3 tandem zinc-finger domains (ZFDs) and the RGG region of METTL14. Moreover, two cofactors of the MTC display a significant importance for its activity in vivo but have never been studied in interaction with lncRNA: the RNA Binding Motif protein 15 (RBM15) and the Zinc Finger CCCH-Type Containing 13 protein (ZC3H13). This project aims at understand how structured regions of lncRNAs are recognized by the functionally active MTC and its cofactors at an atomic level. For that purpose, we will measure the binding and methylation activity of both the ZFDs and RGG region to a set of RNA targets – corresponding to modified region of Xist and MALAT1 – in the context of the whole MTC with or without the cofactors. By using mutated and post-translationally modified protein, we will assess (i) the lncRNA binding cooperativity between ZFD and the MTD, (ii) the role of the RGG region methylation in lncRNA binding structure specificity, (iii) the role of the cofactors in lncRNA recognition. Finally, combining 13C methyl-TROSY experiments, segmental labeling, and paramagnetic relaxation enhancement, we will access the dynamics of the complex in interaction with the lncRNA in solution. We expect to bring high-impact structural information of the specific recognition, recruitment and modification of lncRNAs by the MTC.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2023-PF-01

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Coordinatore

HELMHOLTZ ZENTRUM MUENCHEN DEUTSCHES FORSCHUNGSZENTRUM FUER GESUNDHEIT UND UMWELT GMBH
Contributo netto dell'UE
€ 189 687,36
Indirizzo
INGOLSTADTER LANDSTRASSE 1
85764 Neuherberg
Germania
Regione
Bayern Oberbayern München, Landkreis
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale
Nessun dato