Descrizione del progetto
L’interazione dei processi di espressione genica
La complessa interazione tra i processi di espressione genica batterica rimane poco conosciuta. Meccanismi chiave come la trascrizione, la traduzione e la riparazione del DNA operano spesso in parallelo, ma poco si sa su come siano funzionalmente accoppiati. In questo contesto, il progetto RNP5D, finanziato dal CER, cerca di risolvere il problema studiando come questi processi interagiscono a livello molecolare. Utilizzando tecniche avanzate di biofisica a singola molecola, biochimica e biologia strutturale, il progetto ricostruirà i sistemi di trascrizione-traduzione e le vie di riparazione del DNA in vitro e in vivo. Integrando questi sistemi, il progetto intende scoprire come questi processi cellulari critici cooperano o competono, fornendo nuove conoscenze sulla regolazione dell’espressione genica e stabilendo un nuovo standard per lo studio dei sistemi biologici complessi.
Obiettivo
This proposal brings together the fields of bacterial transcription, translation and DNA repair with state-of-the art single-molecule biophysics in vitro and in vivo, biochemistry and structural biology to address a central but understudied question in biology: how are different macromolecular processes interconnected and functionally coupled? I aim to elucidate this by investigating the crosstalk between central processes in bacterial gene expression: transcription, translation and DNA repair.
First, to understand what determines whether transcription is coupled to translation, we will reconstitute the complete transcription-translation system in vitro and image the process in real-time using cutting-edge multi-color single-molecule fluorescence experiments. We will support our dynamic single-molecule data with structural information from cryo-electron tomography. In order to verify that our in vitro data also have physiological relevance, we will electroporate reconstituted and labelled RNAP/ribosome complexes into live E. coli cells for multi-color single-molecule imaging also in vivo.
Second, we will reconstitute the transcription-coupled DNA nucleoside excision repair pathway in vitro. Integrating multi-color single-molecule fluorescence with optical tweezer assays, will allow us to resolve a controversial point on how transcription-coupled DNA repair starts, comparing the established concept of Mfd-initiation with the newly proposed UvrD/RNAP-mediated lesion recognition.
Finally, we will develop single-molecule experiments for integrating all three processes, specifically transcription, translation and DNA repair, into a single system to quantify cooperativity and competition between individual components and processes.
Overall, this proposal will provide quantitative and mechanistic understanding of how central processes to gene expression are functionally interconnected, setting a new benchmark for examining complex biological systems in context.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia batteriologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche biofisica
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2024-COG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
69117 Heidelberg
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.