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Deciphering host genetics and viral determinants of MPOX epidemiology in the Democratic Republic of Congo

Projektbeschreibung

Die Geheimnisse der Affenpocken entschlüsseln

Bei den Affenpocken, einem mit den Pocken verwandten Virus, ist eine Zunahme der Fälle außerhalb der üblichen afrikanischen Endemiegebiete zu verzeichnen, wobei die jüngste Übertragung mit sexuellem Kontakt in Verbindung gebracht wird. Allerdings entwickelt nicht jede Person, die dem Virus ausgesetzt ist, schwere Symptome oder erkrankt. Das Team vom EU-finanzierten Projekt DECIPHER-MPOX will herausfinden, warum. Die Forschenden konzentrieren sich auf das Kamituga-Gebiet in Süd-Kivu in der Demokratischen Republik Kongo und werden die genetischen und viralen Wirtsfaktoren analysieren, die den Verlauf der Krankheit beeinflussen. Durch die Analyse von Familienkohorten und die Durchführung von genetischen, transkriptomischen und Immunprofilstudien hofft das Projektteam, Determinanten der Anfälligkeit und des Schutzes aufzudecken, die möglicherweise die Grundlage für künftige Impfstoffstrategien bilden.

Ziel

Background: Monkeypox virus (MPV) is a member of the Poxviridae family that includes smallpox, cowpox and chickenpox viruses. Endemic to equatorial Africa following casual human to animal or human to human transmission , recent events have seen an increased incidence with indications of sexual transmission. The disease is characterized by fever, muscle aches, skin rash, lymphadenopathy, oral sores, sore throat, cough, etc. Within any cluster of high risk contacts of a case mpox; however, not everyone exposed develops clinical disease. Moreover, among those contacts who develop mpox, not everyone gets severe disease or dies.
Hypothesis: Host genetic & viral factors explain the differential outcomes following exposure to MPV.
Objectives: To determine the host genetic and viral determinants of mpox disease in Kamituga area, South Kivu province, DRC. Specifically, we will (I) establish well phenotyped cohorts of house-hold contacts, (II) determine rare variants via family trios; (III) undertake RNASeq for transcriptomics, and (IV) study differential cellular immunity profiles using digital cell sorting (DCS) , (V) identify viral variants that drive severe disease
Methods: Whole exome sequencing (WES), transcriptomics and DCS studies of house-family contacts clinically prequalified by PCR and serological testing. Virus gDNA will be reverse transcribed from sequenced host RNA and characterized by comparative genomics and phylogeny.
Potential impact: This project will elucidate host genetic & viral determinants of susceptibility to mpox disease in context of natural exposure and infection; that may serve as correlates of immune protection following vaccination.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

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Programm/Programme

Koordinator

NATIONAL HEALTH LABORATORY SERVICES
Netto-EU-Beitrag
€ 156 750,00
Adresse
MODDERFONTEIN ROAD 1 GAUTENG
2131 Sandringham
Südafrika

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Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Links
Gesamtkosten
€ 156 750,00

Beteiligte (6)