Description du projet
La caractérisation fonctionnelle de la phosphorylation des protéines
Bien que la phosphoprotéomique ait facilité la quantification de la phosphorylation des protéines, la caractérisation des résultats fonctionnels des événements de phosphorylation reste un défi. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet DOMAIN-PHOS vise à établir une méthode à haut débit pour caractériser les fonctions biochimiques des événements de phosphorylation. Étant donné que plusieurs domaines protéiques reconnaissent la phosphorylation d’autres protéines, ils définiront à la fois les fonctions de liant et de phosphosubstrat. Par exemple, 37 protéines humaines constituent le domaine de liaison d’acides aminés phosphorylés Forkhead-Associated (FHA), chacune présentant des différences subtiles dans la séquence influençant le choix du substrat. Par conséquent, la méthode implique le marquage par protéine fluorescente verte de tous les domaines FHA pour une utilisation dans les pulldowns d’affinité, suivi d’une spectrométrie de masse pour une analyse comparative des phosphosubstrats. Les résultats seront validés via des pulldowns de phosphopeptides réciproques à grande échelle.
Objectif
In recent decades, phosphoproteomics has greatly advanced our ability to quantify protein phosphorylation. However, characterizing the functional consequences of these phosphorylation events remains challenging, with only ~6% of recorded events having an associated function. This project aims to bridge this gap by developing a high-throughput method for characterizing biochemical functions of phospho-events.
The proposed approach, supported by preliminary data, leverages the fact that some protein domains recognize phosphorylation of other proteins, thereby defining the function of both the binder and the phospho-substrate. For example, 37 human proteins contain the phospho-binding Forkhead-Associated (FHA) domain, each with a slightly altered sequence influencing substrate choice. FHA proteins act in various processes, including DNA damage response and cytoskeletal movements, areas of expertise for the applicant.
The project involves GFP-tagging all human FHA domains for use in affinity pulldowns, followed by mass spectrometry for comparative analysis of phospho-substrates. For validation, we will perform large-scale reciprocal phosphopeptide pulldowns, a technique developed in the host lab. The combination of the applicant's expertise and the host lab's methodology creates a strong synergy. To understand structure-function relations, we will model interactions of shortlisted FHA:phospho-substrate pairs using AlphaFold3. Additionally, we will conduct phenome-wide association studies to find links between mutations in interaction pairs and disease states, including the functional follow-up on disease-relevant findings.
The appeal of this approach extends beyond expanding FHA domain biology, as it has the potential to generalize to other post-translational modification- (PTM-) binding domains. This method could start a field describing PTM-associated functions at scale, enabling easier causative linking of protein function, mutation, and disease.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences biologiques génétique mutation
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
1165 KOBENHAVN
Danemark
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.