Descrizione del progetto
Caratterizzazione funzionale della fosforilazione proteica
Sebbene la fosfoproteomica abbia semplificato la quantificazione della fosforilazione proteica, caratterizzare gli esiti funzionali degli eventi di fosforilazione rimane una sfida. Sostenuto dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto DOMAIN-PHOS mira a stabilire un metodo ad alto rendimento per caratterizzare le funzioni biochimiche degli eventi di fosforilazione. Poiché diversi domini proteici riconoscono la fosforilazione di altre proteine, ciò definirà sia la funzione legante che quella del fosfo-substrato. Ad esempio, 37 proteine umane comprendono il dominio Forkhead-Associated (FHA) che lega il fosforo, ciascuna con sottili differenze nella sequenza che influenzano la scelta del substrato. Pertanto, il metodo prevede l’etichettatura con proteine fluorescenti verdi di tutti i domini FHA per l’uso in pulldown di affinità, seguita dalla spettrometria di massa per l’analisi comparativa dei fosfo-substrati. I risultati saranno convalidati tramite pulldown reciproci di fosfopeptidi su larga scala.
Obiettivo
In recent decades, phosphoproteomics has greatly advanced our ability to quantify protein phosphorylation. However, characterizing the functional consequences of these phosphorylation events remains challenging, with only ~6% of recorded events having an associated function. This project aims to bridge this gap by developing a high-throughput method for characterizing biochemical functions of phospho-events.
The proposed approach, supported by preliminary data, leverages the fact that some protein domains recognize phosphorylation of other proteins, thereby defining the function of both the binder and the phospho-substrate. For example, 37 human proteins contain the phospho-binding Forkhead-Associated (FHA) domain, each with a slightly altered sequence influencing substrate choice. FHA proteins act in various processes, including DNA damage response and cytoskeletal movements, areas of expertise for the applicant.
The project involves GFP-tagging all human FHA domains for use in affinity pulldowns, followed by mass spectrometry for comparative analysis of phospho-substrates. For validation, we will perform large-scale reciprocal phosphopeptide pulldowns, a technique developed in the host lab. The combination of the applicant's expertise and the host lab's methodology creates a strong synergy. To understand structure-function relations, we will model interactions of shortlisted FHA:phospho-substrate pairs using AlphaFold3. Additionally, we will conduct phenome-wide association studies to find links between mutations in interaction pairs and disease states, including the functional follow-up on disease-relevant findings.
The appeal of this approach extends beyond expanding FHA domain biology, as it has the potential to generalize to other post-translational modification- (PTM-) binding domains. This method could start a field describing PTM-associated functions at scale, enabling easier causative linking of protein function, mutation, and disease.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze biologiche genetica mutazione
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
1165 KOBENHAVN
Danimarca
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.