Projektbeschreibung
Funktionelle Charakterisierung der Proteinphosphorylierung
Während die Phosphoproteomik die Quantifizierung der Proteinphosphorylierung erleichtert hat, stellt die Charakterisierung der funktionellen Ergebnisse von Phosphorylierungsereignissen weiterhin eine Herausforderung dar. Das Ziel des innerhalb der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen unterstützten Projekts DOMAIN-PHOS lautet, eine Hochdurchsatzmethode zur Charakterisierung biochemischer Funktionen von Phosphorylierungsereignissen zu erarbeiten. Da mehrere Proteindomänen die Phosphorylierung weiterer Proteine erkennen, werden dadurch sowohl die Binder- als auch die Phosphosubstratfunktionen definiert. Beispielsweise umfassen 37 menschliche Proteine die phosphobindende Forkhead-assoziierte Domäne (FHA), wobei jedes Protein geringfügige Unterschiede in der Sequenz aufweist, die die Substratwahl beeinflussen. Daher beinhaltet die Methode die Markierung aller FHA-Domänen mit grünem Fluoreszenzprotein zum Einsatz in Affinitäts-Pulldowns, gefolgt von Massenspektrometrie zur vergleichenden Analyse von Phosphosubstraten. Die Ergebnisse werden mithilfe großangelegter reziproker Phosphopeptid-Pulldowns validiert.
Ziel
In recent decades, phosphoproteomics has greatly advanced our ability to quantify protein phosphorylation. However, characterizing the functional consequences of these phosphorylation events remains challenging, with only ~6% of recorded events having an associated function. This project aims to bridge this gap by developing a high-throughput method for characterizing biochemical functions of phospho-events.
The proposed approach, supported by preliminary data, leverages the fact that some protein domains recognize phosphorylation of other proteins, thereby defining the function of both the binder and the phospho-substrate. For example, 37 human proteins contain the phospho-binding Forkhead-Associated (FHA) domain, each with a slightly altered sequence influencing substrate choice. FHA proteins act in various processes, including DNA damage response and cytoskeletal movements, areas of expertise for the applicant.
The project involves GFP-tagging all human FHA domains for use in affinity pulldowns, followed by mass spectrometry for comparative analysis of phospho-substrates. For validation, we will perform large-scale reciprocal phosphopeptide pulldowns, a technique developed in the host lab. The combination of the applicant's expertise and the host lab's methodology creates a strong synergy. To understand structure-function relations, we will model interactions of shortlisted FHA:phospho-substrate pairs using AlphaFold3. Additionally, we will conduct phenome-wide association studies to find links between mutations in interaction pairs and disease states, including the functional follow-up on disease-relevant findings.
The appeal of this approach extends beyond expanding FHA domain biology, as it has the potential to generalize to other post-translational modification- (PTM-) binding domains. This method could start a field describing PTM-associated functions at scale, enabling easier causative linking of protein function, mutation, and disease.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Mutation
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
1165 KOBENHAVN
Dänemark
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.