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Decoding Peptide-Mediated mRNA Decay: Uncovering the Role of Nascent Polypeptides in Gene Regulation

Projektbeschreibung

Neuer Mechanismus der Proteinhomöostase

Zellen passen die Stabilität ihrer mRNA ständig an, um die Proteinproduktion zu optimieren. Während klassische Signalwege auf RNA-bindenden Faktoren beruhen, verbindet ein neu entdeckter Mechanismus, der sogenannte peptidvermittelte mRNA-Zerfall (peptide-mediated mRNA decay; PMD), den mRNA-Abbau direkt mit dem im Entstehen begriffenen Protein, das synthetisiert wird. Dieser Prozess stellt sicher, dass überschüssiges Protein die selektive Zerstörung seines eigenen Transkripts anhand von Faktoren auslöst, die das entstehende Polypeptid erkennen. Defekte im peptidvermittelten mRNA-Zerfall können die Zellteilung und die Neuroentwicklung stören, und erste Hinweise deuten darauf hin, dass er auch Transkripte regulieren könnte, die für aggregationsanfällige Proteine kodieren. Das Team des ERC-finanzierten Projekts DECODE-PMD wird entschlüsseln, wie im Entstehen begriffene Peptide den Zerfall einleiten. Die Identifizierung physiologischer Auslöser und genomweiter PMD-Ziele wird dazu beitragen, ein neues Paradigma für die Proteinhomöostase zu erschaffen.

Ziel

Cells tightly regulate mRNA stability to ensure accurate gene expression across diverse cellular states and conditions. Traditionally, selective mRNA degradation has been attributed to the recognition of nucleotide sequence elements by proteins or small RNAs that subsequently recruit decay factors. Conversely, an emerging mechanism termed “peptide-mediated mRNA decay” (PMD) involves the encoded protein: my postdoctoral work revealed how the nascent polypeptide—physically linked to the mRNA during translation by the ribosome—can direct mRNA decay. This process is exemplified by tubulin mRNAs, which are selectively degraded when cells sense excess free tubulin levels. In this novel type of regulation, a recognition factor binds the nascent polypeptide to recruit downstream factors that trigger mRNA degradation. Impaired tubulin PMD results in severe phenotypes like defects in cell division and neurodevelopment. Beyond tubulins, emerging evidence points to critical PMD mechanisms targeting transcripts encoding aggregation-prone proteins. I postulate that PMD represents an entirely unexplored paradigm of gene regulation that dynamically adjusts protein production to ensure cellular fitness. However, the mechanistic understanding of PMD is still limited and the full range of substrates remains unknown.
In DECODE-PMD I will unravel how nascent polypeptides direct mRNA degradation on ribosomes and chart the transcriptome-wide map of PMD substrates. Specifically, I aim to (1) decode how mRNA translation and degradation are coupled during tubulin PMD using a biochemical reconstitution approach; (2) decipher the physiological triggers of tubulin PMD and its regulation; and (3) harness advanced sequencing methods to systematically identify PMD substrates and derive common mechanistic principles. Our innovative work will provide a conceptual framework for how cells exploit nascent polypeptide recognition for selective tuning of mRNA stability to maintain protein homeostasis.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Schlüsselbegriffe

Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).

Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants

Alle im Rahmen dieses Finanzierungsinstruments finanzierten Projekte anzeigen

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

(öffnet in neuem Fenster) ERC-2025-STG

Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigen

Gastgebende Einrichtung

FUNDACIO CENTRE DE REGULACIO GENOMICA
Netto-EU-Beitrag

Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.

€ 1 703 070,00
Adresse
CARRER DOCTOR AIGUADER 88
08003 Barcelona
Spanien

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Region
Este Cataluña Barcelona
Aktivitätstyp
Research Organisations
Links
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

€ 1 703 070,00

Begünstigte (1)

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