Skip to main content
Aller à la page d’accueil de la Commission européenne (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)
français fr
CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
CORDIS

Cracking the code of amyloid polymorphism: Integrating cryoEM and machine learning to unravel impact of small aggregation modulators on amyloid fibril polymorphism

Description du projet

Le code du polymorphisme amyloïde dans les maladies neurodégénératives

Les maladies neurodégénératives, telles que la maladie d’Alzheimer et la maladie de Parkinson, représentent des défis majeurs en matière de santé en raison du mauvais repliement des protéines et de l’agrégation amyloïde. Cependant, le rôle du polymorphisme structural reste encore largement inexploré. Le projet AMI-CryoML, financé par l’UE, étudiera les modulateurs de l’agrégation amyloïde et leurs effets sur la cinétique et le polymorphisme de l’agrégation. Il vise à collecter et analyser des données sur les modulateurs connus, en se concentrant sur leurs propriétés chimiques et leurs mécanismes. Le projet examinera comment ces modulateurs influencent les différentes phases de l’auto-agrégation amyloïde à l’aide de tests ThT, et il évaluera leur efficacité sur différentes substances amyloïdes, notamment les prions, CsgA et l’α-synucléine. Il recourra à la cryomicroscopie électronique (CryoEM) pour étudier les polymorphismes structuraux, créer la base de données AmyloGraph, et s’appuiera sur l’apprentissage automatique pour développer des modèles prédictifs.

Objectif

Neurodegenerative diseases such as Alzheimer's (AD), Parkinson’s (PD), and prion-related disorders pose major global health challenges due to their progressive nature and lack of effective treatments. Central to these conditions is the misfolding and aggregation of proteins into amyloid structures, which cause severe cellular damage. Despite advances in understanding amyloid aggregation, the role of structural polymorphism in these processes remains underexplored. This proposal aims to address this gap by investigating amyloid aggregation modulators and their effects on aggregation kinetics and polymorphism.

The project has five main objectives:
1. Data Collection on agregation modulators: Systematically gather and curate data on known modulators that impact amyloid aggregation, focusing on their chemical properties and mechanisms.
2. Aggregation kinetics studies: Study the impact of selected modulators on the kinetics of amyloid self-aggregation using ThT assays. This includes analyzing how modulators influence different phases of aggregation and testing their efficacy on a range of amyloids, including prions, CsgA, and α-synuclein.
3. Study structural polymorphisms via CryoEM: Utilize Cryo-Electron Microscopy (CryoEM) to resolve and map the structural polymorphs of amyloids under various conditions. Providing insights into impact of modulators on structural polymorphism and aggregation kinetics.
4. AmyloGraph database enhancement: Develop a new module for the AmyloGraph database to store and analyze data on modulators, aggregation kinetics, and structural polymorphisms.
5. Development of ML models: Leverage machine learning to develop predictive and generative models to forecast amyloid aggregation kinetics and modulator effects, incorporating structural polymorphisms, and generate new modulators targeting specific polymorphic forms.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Mots‑clés

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement

Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-WIDERA-2024-TALENTS-02

Voir tous les projets financés au titre de cet appel

Coordinateur

VILNIAUS UNIVERSITETAS
Contribution nette de l'UE
€ 181 136,16
Adresse
UNIVERSITETO G. 3
01513 Vilnius
Lituanie
Région
Lietuva Sostinės regionas Vilniaus apskritis
Type d’activité
Higher or Secondary Education Establishments
Liens
Coût total
Aucune donnée