Descrizione del progetto
Costruire genomi, un filamento alla volta
Con il progredire della biologia sintetica, la costruzione di genomi completi da zero sta diventando sempre più preziosa per la medicina, la biotecnologia e le soluzioni ambientali. Sebbene la genomica sintetica si spinga oltre assemblando interi genomi da piccoli frammenti di DNA, l’efficienza diminuisce con l’aumentare delle dimensioni dei frammenti, il che è principalmente dovuto a una questione fisica: i filamenti di DNA più lunghi hanno meno probabilità di trovarsi e legarsi l’uno all’altro. Superare questa sfida è fondamentale per sviluppare la sintesi del genoma. Il progetto SynGene, finanziato dal CER, affronta questo problema utilizzando canali nanofluidici al fine di allungare il DNA ed esporre le sue estremità per l’ibridazione. Sfruttando il macchinario di ricombinazione del lievito e brevi modelli di DNA, SynGene offre un nuovo potente metodo volto a manipolare interi genomi in modo più efficace.
Obiettivo
Synthetic genomics is a rapidly growing branch of synthetic biology where the goal is to assemble a complete genome from small synthetic DNA fragments. The main obstacle is the later stages of assembly where fragments on the kilobasepair length scale are to be assembled, where the efficiency rapidly falls off with increasing fragment size. A large contribution to this bottleneck is purely physical, where the probability of DNA ends meeting decreases with increasing DNA size. My solution to this problem is to force DNA ends to meet using nanofluidic channels. In such channels DNA is stretched out to almost the complete contour length, exposing the ends for hybridization. As part of my ongoing ERC-CoG, I have demonstrated several principles that will make it possible to use nanofluidic devices for genome assembly. Long DNA can be entropically trapped in nanochannels to force DNA ends to meet to promote hybridization of complementary overhangs. The bacterial protein Ku stably anneals 4 bp complementary overhangs, making it possible to engineer which fragments that are annealed. Bacterial Ligase D then binds to Ku to ligate the DNA.
Within this PoC project I will take the next steps to bring this principle to a commercially feasible platform.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2025-POC
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
412 96 Goteborg
Svezia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.