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Bayesian phylogenetic models for the evolution of gene expression on single-cell lineages

Projektbeschreibung

Evolution der Genexpression in Krebszellen

Die Entstehung von Krebs ist ein evolutionärer Prozess, bei dem sich in Tumorzellen Veränderungen ansammeln, die das Fortschreiten der Erkrankung und die Resistenz gegenüber Behandlungen begünstigen. Um die Tumoranpassung zu entschlüsseln, ist es unerlässlich zu verstehen, wie sich die Genexpression über einzelner Krebszelllinien hinweg entwickelt und welche Faktoren diese Veränderungen beeinflussen. Dank fortgeschrittener Einzelzelltechnologien ist es nun möglich, diese Dynamiken mit einer bisher unerreichten Auflösung nachzuverfolgen. Es mangelt jedoch an soliden statistischen Rahmenkonzepten zur Interpretation von Daten dieser Art. Mit Unterstützung der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen entwickelt das Team des Projekts PhyloCELL-EXP bayessche phylogenetische Modelle, um Veränderungen der Genexpression entlang von Krebszelllinien zu rekonstruieren und diese mit genetischen und umweltbedingten Faktoren in Verbindung zu bringen. Diese Werkzeuge werden auf reale Multiomik-Datensätze angewendet und setzen damit neue Maßstäbe in der rechnergestützten Erforschung der Tumorentwicklung.

Ziel

The PhyloCELL-EXP project is dedicated to developing and implementing robust statistical models to understand the evolutionary dynamics of gene expression in single-cell cancer lineages. We will leverage advanced Bayesian phylogenetic frameworks such as BEAST2 to systematically identify fast evolving cell lineages, reconstruct gene expression changes along cell phylogenies, and link these changes to both genetic and micro-environmental factors. Our methodological approaches will include algorithms for detecting shifts in evolutionary rates, and Brownian Motion and Ornstein-Uhlenbeck models for gene expression, that are scalable to handle thousands of genes and hundreds of cells. By making use of real multi-omics cancer datasets, PhyloCELL-EXP’s quantitative models will enable genetic inheritance and plasticity in cancer adaptation and progression to be characterized, setting new standards in statistical and computational tumor evolution research.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

Schlüsselbegriffe

Programm/Programme

Thema/Themen

Finanzierungsplan

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2025-PF

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Koordinator

UNIVERSIDAD DE VIGO
Netto-EU-Beitrag
€ 194 074,56
Adresse
LG CAMPUS LAGOAS MARCOSENDE
36310 VIGO PONTEVEDRA
Spanien
Region
Noroeste Galicia Pontevedra
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Links
Gesamtkosten
Keine Daten