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DNA Sequence-Dependent Structure Formation in the Cell Nucleus

Ziel

Only ~1.5% of the human genome encodes proteins; the remaining 98.5%, once dismissed as “junk”, harbors the regulatory blueprint of life. Non-coding DNA controls when and where genes switch on by guiding transcription factor (TF) binding and nucleosome organization, shaping nuclear architecture. Yet how billions of weak, dispersed interactions achieve the high level of specificity required for gene regulation remains a central mystery. Isolated TF binding is far too weak: targeting a single genomic site in the human genome would require >20 kBT of discrimination, while typical TFs reach at most ~10 kBT. This order‑of‑magnitude lack of specificity implies that collective processes underpin mesoscale nuclear structure.

Our work shows that these collective processes are sequence‑guided: TFs can undergo sequence‑dependent prewetting transitions to form TF condensates at specific locations. DNA thus encodes a rugged energy landscape that programs where droplets, loops, and topologically associating domains (TADs) emerge. In collective processes many weak interactions can outcompete a few strong ones, but current approaches fail to capture the vast sequence space of weak binding. We will develop Ising-like models of TF-DNA binding with sub-kBT precision for any sequence, calibrated by competitive binding assays and validated using optical tweezers coupled with MINSTED nanoscopy for near base pair resolution imaging of TFs on stretched DNA. These models will underpin a theory of structure formation via sequence-guided condensation and wetting, tested through optical tweezer-based measurements of prewetting and co-condensation. We will apply this framework to investigate the physical basis of promoter-enhancer communication and TAD-scale genome folding, and evaluate its impact on gene expression levels in cells. This project will establish a physical foundation for sequence-guided genome organization at the mesoscale and its future exploration in development and disease.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Schlüsselbegriffe

Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).

Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants

Alle im Rahmen dieses Finanzierungsinstruments finanzierten Projekte anzeigen

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

(öffnet in neuem Fenster) ERC-2025-ADG

Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigen

Gastgebende Einrichtung

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Netto-EU-Beitrag

Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.

€ 2 495 206,00
Adresse
HOFGARTENSTRASSE 8
80539 MUNCHEN
Deutschland

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Region
Berlin Berlin Berlin
Aktivitätstyp
Research Organisations
Links
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

Keine Daten

Begünstigte (1)