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Haplotype-based inference of hidden structure in the human genome

Obiettivo

The rapid emergence of high-throughput genomic technologies—such as low-coverage sequencing (LCS), ancient DNA (aDNA), and long-read sequencing (LRS)—offers unprecedented opportunities to explore human evolutionary history and advance medical genetics. However, the full potential of these data remains underexploited due to analytical and methodological limitations: for example, low coverage aDNA (<0.5x) is typically excluded ancestral recombination graph (ARG) analyses, while low structural variant (SV) genotyping accuracy and the lack of reliable imputation panels limit population-scale association studies.

This project proposes the development of two innovative haplotype-based statistical methods to overcome these barriers and unlock novel biological insights. First, I will establish a unified framework that integrates ARG construction with genotype imputation, enabling robust large-scale genealogical and demographic analyses of both modern and ancient low-coverage genomes. Second, I will develop a probabilistic haplotype-based approach for structural variant (SV) genotyping and imputation with long-read sequencing data, applying it to large population cohorts. These methods will be validated on cutting-edge resources, including the UK Biobank and the Allen Ancient DNA Resource, and disseminated through open-source software.

By bridging methodological gaps in aDNA and SV analyses, this project will deliver tools for demography inference using ARGs, SV-informed trait mapping, and the integration of diverse genomic data in population and medical genomics. The first application of the tools will have profound impacts. The unlocked high-resolution human history will contribute to public discourse on the definition and biomedical use of genetic ancestry. Discoveries of disease-associated SVs and underlying biological mechanisms will inform drug development, personalized treatment, and supporting industrial innovation.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2025-PF

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

THE CHANCELLOR, MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF OXFORD
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 276 187,92
Indirizzo
WELLINGTON SQUARE UNIVERSITY OFFICES
OX1 2JD Oxford
Regno Unito

Mostra sulla mappa

Regione
South East (England) Berkshire, Buckinghamshire and Oxfordshire Oxfordshire
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

Nessun dato
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