Descrizione del progetto
La spettrometria di massa vuole anticipare l’individuazione degli agenti patogeni ospedalieri grazie all’IA
I batteri resistenti e ipervirulenti causano sempre più spesso infezioni nosocomiali che mettono a rischio la vita dei pazienti. Il sequenziamento completo del genoma rimane lo standard di riferimento per tracciare questi focolai, ma è un metodo costoso, lento e inaccessibile a molti. La spettrometria di massa tempo di volo con desorbimento/ionizzazione laser assistita da matrice (MALDI-TOF, Matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight), una tecnica di identificazione rapida e ampiamente disponibile, ha potenzialità ancora inesplorate per il rilevamento dei focolai. Con il sostegno del programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto OUTBRAID si propone di potenziare la tecnologia MALDI-TOF fino a renderla quasi pari al sequenziamento completo del genoma in termini di efficacia. Sfruttando un set di dati spettrali internazionale senza precedenti, insieme a dati sintetici, il progetto addestrerà modelli di apprendimento automatico multimodali per consentire un rilevamento rapido ed economico dei focolai nelle fasi iniziali, al fine di mitigare questa minaccia crescente per la salute pubblica globale.
Obiettivo
Hospital-acquired infections (HAIs) from resistant and hypervirulent bacteria—such as Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, Vancomycin-resistant Enterococcus faecium, Carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa, Carbapenemase-producing Acinetobacter baumannii, and Clostridioides difficile—pose a growing threat to patient safety worldwide. Outbreaks often go undetected until severe harm occurs. While whole genome sequencing (WGS) is the gold standard for outbreak tracing, it is costly, slow and not globally accessible. MALDI-TOF mass spectrometry, in contrast, is rapid and widely used, but its outbreak detection potential remains unexploited.
The OUTBReak AI-driven Detection (OUTBRAID) project will transform hospital outbreak surveillance by leveraging an unprecedented international dataset—over 1.2 million MALDI-TOF spectra already collected at the IMM Zurich, plus new contributions from 9 countries across Europe, Asia, and Australia, including Low and Median Income Countries (LMICs), each providing at least 100 samples per pathogen for rigorous, external validation.
OUTBRAID will develop two breakthrough approaches: (1) diffusion models to generate synthetic MALDI-TOF spectra, ensuring robust, cross-center performance; and (2) multimodal machine learning that combines MALDI-TOF, epidemiological metadata, and WGS to enable automated, high-resolution cluster detection. These models will be benchmarked not only at species level but also at sequence type (ST), cgMLST, and single-nucleotide polymorphism (SNP) resolution—pushing MALDI-TOF as close as possible to the granularity of WGS.
All data, models, and code will be open access. OUTBRAID’s participation in workshops and training will reach and train 150+ scientists and clinicians (e.g. ESCMID), ensuring broad impact. By braiding together international data streams and AI, OUTBRAID aims to deliver scalable tools for early outbreak detection, supporting hospitals and public health globally.
Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2025-PF
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
8006 Zurich
Svizzera
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.