Objectif
Alternative pre-mRNA splicing plays a central role in generating the complex proteome of metazoans. About 60% of human genes are alternatively spliced and a compromise in this process is known to cause multiple human diseases. An understanding of the mecha nisms that regulate alternative splicing will be essential for a functional interpretation of the genome. We propose to study the co-transcriptional recruitment of splicing regulatory proteins-specifically SR proteins- onto the pre-mRNA. Such an analysis w ould be valuable since the coupling of splicing to transcription has been shown to contribute to alternative splicing regulation. My approach will involve analysis of RNA while it is still attached to the chromosomal DNA, during the act of transcription by RNA polymeraseII. Recruitment of the basic splicing machinery to target genes by this novel method has been shown in the host lab. I propose to examine the detectability and distribution of SR proteins on a candidate gene that undergoes alternative splici ng to encode either calcitonin or the neuropeptide CGRP. Through chromosomal immunoprecipitation (CHIP) I will determine the sites along the gene at which the SR proteins are recruited. Since the splicing of this gene can be manipulated in cell culture, I will be able to determine the consequential changes in SR protein recruitment. This will be followed by analysis of changes in recruitment pattern when critical sequences in the gene are altered. In a complementary approach we will alter the levels of the SR protein and analyse its affect on alternative splicing regulation. Lastly, I will extend the analysis to a global scale by carrying out CHIP followed by hybridization to DNA microarrays, designed to detect genomic intron and exon regions. This study wil l identify the yet unknown endogenouos gene targets for the SR proteins. Thus, I will be able to build a comprehensive picture of splicing factor recruitment and its regulation of alternative splicing.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines protéomique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP6-2004-MOBILITY-7
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
IIF - Marie Curie actions-Incoming International Fellowships
Coordinateur
DRESDEN
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.