Ziel
Nature uses acetylation of lysine residues to modulate the affinity of a variety of nucleic acid binding proteins for their target DNA or RNA. Important examples of such acetylation-based signalling activation processes include the acetylation of Lys residues in histones and the activation of HIV-1 integrase for enhancing the binding affinity to DNA. Surprisingly, no systematic study aimed at understanding the basic molecular mechanisms of acetylation has been performed so far. Here we propose a combined computational chemistry and molecular biology approach, which will uncover several aspects of the Lys acetylation process. The proponent will carry out the computations at the International School for Advanced Studies within a close collaboration with the Molecular Medicine Lab of the International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology directed by Mauro Giacca.
Specifically:
(i) I will provide the description of the molecular mechanism of tGcn5 enzyme-catalysed Lys acetylation process using hybrid Car-Parrinello QM/MM method;
(ii) I will characterize the structural rearrangements associated to acetylation in tGcn5-histone complex will be carried out using classical molecular dynamics simulations;
(iii) I will construct a structural model for DNA-acetylated protein HIV-1 integrase. Each computational study will be accompanied by experimental mutagenesis data, which will be used to validate my results.
Results of this highly interdisciplinary work will provide a description of fundamental aspects of Lys acetylation-based signalling as well as provide a structural model of the DNA-HIV-1 integrase complex, which in turn can be used as a template for designing potential anti-AIDS drugs.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Nukleinsäure
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP6-2002-MOBILITY-5
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
Italien
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.