Obiettivo
Nature uses acetylation of lysine residues to modulate the affinity of a variety of nucleic acid binding proteins for their target DNA or RNA. Important examples of such acetylation-based signalling activation processes include the acetylation of Lys residues in histones and the activation of HIV-1 integrase for enhancing the binding affinity to DNA. Surprisingly, no systematic study aimed at understanding the basic molecular mechanisms of acetylation has been performed so far. Here we propose a combined computational chemistry and molecular biology approach, which will uncover several aspects of the Lys acetylation process. The proponent will carry out the computations at the International School for Advanced Studies within a close collaboration with the Molecular Medicine Lab of the International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology directed by Mauro Giacca.
Specifically:
(i) I will provide the description of the molecular mechanism of tGcn5 enzyme-catalysed Lys acetylation process using hybrid Car-Parrinello QM/MM method;
(ii) I will characterize the structural rearrangements associated to acetylation in tGcn5-histone complex will be carried out using classical molecular dynamics simulations;
(iii) I will construct a structural model for DNA-acetylated protein HIV-1 integrase. Each computational study will be accompanied by experimental mutagenesis data, which will be used to validate my results.
Results of this highly interdisciplinary work will provide a description of fundamental aspects of Lys acetylation-based signalling as well as provide a structural model of the DNA-HIV-1 integrase complex, which in turn can be used as a template for designing potential anti-AIDS drugs.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole acidi nucleici
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze mediche e della salute biotecnologia medica ingegneria genetica
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze biologiche biologia molecolare
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2002-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
Italia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.