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Contenuto archiviato il 2024-05-28

Multiscale modeling and simulation of bacterial colonies

Obiettivo

Some bacteria are known to grow in colonies that form complicated geometrical patterns. In order to develop such a colony, bacteria will sense and respond to their local environment by secreting and absorbing peptides, proteins, pheromones and other chemotactic or quorum sensing molecules. Furthermore, under adverse conditions, bacteria can sporulate, alternate its shape, or look for better DNA. Past work has focused mainly on the biological aspects involved in these processes. However, much less is known on the dynamics of the colony as a whole. In particular, the dynamics of the colony may be completely different than that of the single cell and it is not clear how the bacterial activity at the microscopic scale is related to the collective macroscopic behavior. A recent mathematical model that I developed explains an interesting experiment in which sibling bacterial colonies grown on low-nutrients plates mutually kill each other through secretions released to the media. Simulation results where compared with experimental data. The work was recently submitted to PNAS. The purpose of the proposed research is to develop new and improved models and innovative simulation methods for connecting between the microscopic behavior of individual bacteria and that of the colony as a whole. New algorithms are developed in order to solve the models numerically. Such an interdisciplinary research is crucial for understanding complex biological phenomena. There are many interesting and important directions for future research. For example, new experiments suggest that surface tension may play a key role in the dynamics of the colony. Another example is the addition of newly discovered knowledge on the mechanism bacteria use to decide between sporulation (going into a dormant phase) and competence (mutation into a different form of strand).

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP7-PEOPLE-2009-RG
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MC-IRG - International Re-integration Grants (IRG)

Coordinatore

BAR ILAN UNIVERSITY
Contributo UE
€ 100 000,00
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

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