Objetivo
A major challenge in deciphering the genome is to understand the genomic sequences which control the spatio-temporal expression of genes. Despite much progress, the rules by which these regions, the cis-regulatory modules (CRMs), control the transcription of a gene remain unclear. The objectives of this proposal are to develop an algorithm to detect novel CRMs, to analyze the identified CRMs, and to elucidate the logic by which CRMs control when a gene is transcribed and in what cells. This will be done by first developing an algorithm that integrates several recent breakthroughs in understanding CRM mechanisms and using a mid-throughput chordate model organism (Ciona intestinalis) for validation. Recent work has shown that many factors contribute to CRM activation in addition to the well-known clustering of transcription factor binding sites: the openness of the chromatin, 3D structure of the DNA, nucleosome positioning, and co-factor binding. Combining this understanding with previous prediction methods (evolutionary sequence conservation, binding-site clustering) will improve predictive power, which I will experimentally confirm. The CRMs will be refined to their essential sequences by comparing them to their orthologs in distant species that drive similar expression patterns. The identified CRMs will be used in a second step to analyze and classify the CRMs. Finally, combining the identified CRMs with known patterns of expression will provide a means to elucidate the rules by which CRMs operate. This work will impact fundamental biology and also contribute to identifying and understanding mutations with disease implications, as SNPs within a CRM have been shown to have effects in genetic diseases, such as cancer.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias biológicas genética mutación
- ciencias médicas y de la salud medicina clínica oncología
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-2010-IIF
Consulte otros proyectos de esta convocatoria
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
75794 PARIS
Francia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.