Objectif
A major challenge in deciphering the genome is to understand the genomic sequences which control the spatio-temporal expression of genes. Despite much progress, the rules by which these regions, the cis-regulatory modules (CRMs), control the transcription of a gene remain unclear. The objectives of this proposal are to develop an algorithm to detect novel CRMs, to analyze the identified CRMs, and to elucidate the logic by which CRMs control when a gene is transcribed and in what cells. This will be done by first developing an algorithm that integrates several recent breakthroughs in understanding CRM mechanisms and using a mid-throughput chordate model organism (Ciona intestinalis) for validation. Recent work has shown that many factors contribute to CRM activation in addition to the well-known clustering of transcription factor binding sites: the openness of the chromatin, 3D structure of the DNA, nucleosome positioning, and co-factor binding. Combining this understanding with previous prediction methods (evolutionary sequence conservation, binding-site clustering) will improve predictive power, which I will experimentally confirm. The CRMs will be refined to their essential sequences by comparing them to their orthologs in distant species that drive similar expression patterns. The identified CRMs will be used in a second step to analyze and classify the CRMs. Finally, combining the identified CRMs with known patterns of expression will provide a means to elucidate the rules by which CRMs operate. This work will impact fundamental biology and also contribute to identifying and understanding mutations with disease implications, as SNPs within a CRM have been shown to have effects in genetic diseases, such as cancer.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique mutation
- sciences médicales et de la santé médecine clinique oncologie
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP7-PEOPLE-2010-IIF
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
75794 PARIS
France
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.