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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Contenu archivé le 2024-06-18

Genome mining in Streptomyces violaceusniger, a prolific antibiotic producer

Objectif

Complex polyketides are microbial natural products (including clinically-useful medicines) whose chemical structures correlate with the sequence of the modular enzymes responsible for their biosynthesis. This unique paradigm means that the structure of the gene can be inferred from the chemical structure of the molecule, and (with less certainty) the reverse is true. Now, genome-scale sequencing of actinomycetes has revealed untapped chemical diversity in culturable streptomycetes: there are many biosynthetic clusters present but most are cryptic (silent). Expression of biosynthetic genes is now a severe bottleneck in trying to develop a genuine “synthetic biology” of natural products, in which PKSs are designed and fabricated to order to produce a specificed target molecule. We have sequenced and will study an extreme example of “one strain-many clusters”: a strain of Streptomyces violaceusniger which houses 11 clusters (of which seven silent and some are novel). We will: (1) use in-frame PKS gene deletion followed by chemical analysis of the resulting mutants, to test whether and how inactivation of one pathway affects the simultaneous production of others; (2) attempt to activate cryptic pathway genes by alterations in regulatory genes and by ribosome engineering, and isolate any new products; (3) clone whole PKS clusters in high-yielding (and sequenced) strains of, respectively, the monensin-producing Streptomyces cinnamonensis and the erythromycin-producing Saccharopolyspora erythraea for heterologous expression of polyketides in “pre-optimised” backgrounds; and (4) use genome reduction triggered by cre-loxP recombination, to radically simplify the secondary metabolite profile of all three strains and test the mutants for improved expression of cloned PKS genes.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.

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Programme(s)

Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.

Thème(s)

Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.

Appel à propositions

Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.

FP7-PEOPLE-2010-IIF
Voir d’autres projets de cet appel

Régime de financement

Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.

MC-IIF - International Incoming Fellowships (IIF)

Coordinateur

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
Contribution de l’UE
€ 210 092,80
Adresse
TRINITY LANE THE OLD SCHOOLS
CB2 1TN CAMBRIDGE
Royaume-Uni

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Région
East of England East Anglia Cambridgeshire CC
Type d’activité
Higher or Secondary Education Establishments
Liens
Coût total

Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.

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