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Contenuto archiviato il 2024-06-18

Genome mining in Streptomyces violaceusniger, a prolific antibiotic producer

Obiettivo

Complex polyketides are microbial natural products (including clinically-useful medicines) whose chemical structures correlate with the sequence of the modular enzymes responsible for their biosynthesis. This unique paradigm means that the structure of the gene can be inferred from the chemical structure of the molecule, and (with less certainty) the reverse is true. Now, genome-scale sequencing of actinomycetes has revealed untapped chemical diversity in culturable streptomycetes: there are many biosynthetic clusters present but most are cryptic (silent). Expression of biosynthetic genes is now a severe bottleneck in trying to develop a genuine “synthetic biology” of natural products, in which PKSs are designed and fabricated to order to produce a specificed target molecule. We have sequenced and will study an extreme example of “one strain-many clusters”: a strain of Streptomyces violaceusniger which houses 11 clusters (of which seven silent and some are novel). We will: (1) use in-frame PKS gene deletion followed by chemical analysis of the resulting mutants, to test whether and how inactivation of one pathway affects the simultaneous production of others; (2) attempt to activate cryptic pathway genes by alterations in regulatory genes and by ribosome engineering, and isolate any new products; (3) clone whole PKS clusters in high-yielding (and sequenced) strains of, respectively, the monensin-producing Streptomyces cinnamonensis and the erythromycin-producing Saccharopolyspora erythraea for heterologous expression of polyketides in “pre-optimised” backgrounds; and (4) use genome reduction triggered by cre-loxP recombination, to radically simplify the secondary metabolite profile of all three strains and test the mutants for improved expression of cloned PKS genes.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP7-PEOPLE-2010-IIF
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MC-IIF - International Incoming Fellowships (IIF)

Coordinatore

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
Contributo UE
€ 210 092,80
Indirizzo
TRINITY LANE THE OLD SCHOOLS
CB2 1TN CAMBRIDGE
Regno Unito

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Regione
East of England East Anglia Cambridgeshire CC
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

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