Ziel
Acquired immunity to foreign pathogens depends on functional B and T cells. The objective of this proposal is to elucidate the transcriptional control of lymphocyte development at three stages by deciphering the transcriptional networks specifying pro-B and pro-T cells in early lymphopoiesis and plasma cells in terminal B cell differentiation.
To this end, we generated knock-in mice carrying a biotin acceptor sequence at the C-terminus of transcription factors, which can be biotinylated by transgenic co-expression of the E. coli biotin ligase BirA. In vivo biotinylation facilitates antibody-independent precipitation of these transcription factors by streptavidin pulldown (Bio-ChIP). Preliminary Bio-ChIP sequencing experiments validated this approach for genome-wide identification of transcription factor target genes.
Bio-ChIP sequencing will be used to identify the target genes of key transcription factors controlling the development of pro-B cells (Ikaros, E2A, STAT5, EBF1, Pax5, PU.1 IRF4), pro-T cells (Notch1, RBP-J, GATA3, Ikaros, E2A, STAT5) and plasma cells (Blimp1, IRF4, XBP1). RNA sequencing of wild-type and mutant lymphocytes will determine the regulated target genes of these factors, which are ultimately relevant for the elucidation of transcriptional networks. The function of selected target genes at central nodes of these networks will be analyzed by the latest miR30-shRNA knockdown technology. Finally, regulatory complexes interacting with these transcription factors will be identified by streptavidin-pulldown purification and mass spectrometry followed by their integration into the transcriptional networks by ChIP-seq mapping to the transcription factor target genes.
These experiments will provide fundamentally new molecular insight into the generation of all three lymphocyte stages and will contribute to a better understanding of how deregulation of the transcriptional control promotes the development of lymphoid malignancies.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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ERC-2011-ADG_20110310
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
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Gastgebende Einrichtung
1030 Wien
Österreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.