Objetivo
The dramatic success of infectious agents comes from their ability to adapt to both immune and pharmaceutical selective pressures. To uncover the dynamics of bacterial adaptation, experimental evolution has been widely used, focusing mostly on organismal fitness. Many of the observation derived from these experiments have been captured by Fisher's Geometric model of Adaptation (FGMA). Despite its success, this top-down phenotypic model is relatively abstract. In fact, its most important parameter, the number of independent phenotypes an organism expose to the action of natural selection, or phenotypic complexity, remains completely disconnected from a genetic perspective. More recently, bottom-up genotype to phenotype maps from system biology have provided an alternative to unravel the constraints regulating bacterial evolution.
In the present project, I want to connect these different approaches. The interpretation of system biology models in terms of FGMA will (i) uncover the genetic determinants of phenotypic complexity, giving more genetic context to FGMA, and, (ii) transpose our understanding of evolution through FGMA to complex genotype to phenotype maps.
Four different levels of integration will be used: the gene, the metabolic network, the organism and the species. I will use
-antibiotic resistance gene, TEM1, to connect thermodynamic models of protein evolution to FGMA, and characterize the phenotypic complexity of a single gene,
-computational models of metabolic network and experimental modification of a biochemical pathway regulation to assess the meaning of phenotypic complexity in networks,
-in vitro and in vivo experimental evolution coupled with genome sequencing and mutant reconstruction to assess the molecular bases of changes in beneficial mutation rates during organismal adaptation,
- faeces of well characterised human twins to assess the factors of the human gut's environment that shape the genetic diversity of the Escherichia coli species.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias físicas termodinámica
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas
- ciencias naturales ciencias biológicas genética mutación
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
- ciencias médicas y de la salud medicina básica farmacología y farmacia farmacorresistencia resistencia a antibióticos
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
ERC-2012-StG_20111109
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Institución de acogida
75654 PARIS
Francia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.