Ziel
The two most fundamental features of molecular recognition are affinity and specificity. The proposed research aims to develop a new methodology for de novo design of small interaction networks not seen in Nature and to generate such networks with predetermined levels of specificity and affinity. In Preliminary Results we developed a methodology to de novo design protein binders of surfaces that have not been structurally characterized in bound form. We used this method to design three experimentally validated medium-affinity binders of the apo form of an acyl carrier protein (ACP), which has no co-crystal structures, demonstrating that interaction design could target a broad range of physicochemically appropriate surfaces. This synthetic network is the first multispecific system (one ACP interacts with three unrelated proteins), which is completely devoid of selective pressures for function other than binding, and will serve as a model to study how high affinity, specificity, and multispecificity might arise from non-interacting proteins. We will develop a multidisciplinary computational/experimental approach to substantially increase the affinity of the ACP to its binders by introducing stabilizing substitutions to residues on either one or both sides of each designed interface. Affinity will be further increased by experimental in vitro selection of higher-affinity variants of the ACP or of its partners. We will additionally erect specificity barriers between the ACP-binder pairs by redesigning the amino acid identities and backbones of interfacial loops. Specificity and affinity are important features in many protein-engineering applications, including the development of protein therapeutics and diagnostics, and the generation of synthetic signaling and metabolic networks. Small networks, such as the ones we produce here, may be future building blocks in these applications.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP7-PEOPLE-2012-CIG
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
MC-CIG - Support for training and career development of researcher (CIG)
Koordinator
7610001 Rehovot
Israel
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.