Objectif
Here we propose a novel hybrid strategy for the structure determination of macromolecular complexes using a state of the art mass spectrometry (MS) and cryo-electron microscopy (EM) approach. This strategy allows for the accurate fitting of crystal structures into EM-maps, but also provides structural templates for the identification of macromolecular complexes within cryo-electron tomograms (CET) by pattern recognition. It promises to establish the critical link from structural analysis of isolated protein complexes to their observation in the cell. As a promising initial target for our investigations we chose the recently identified URI complex (unconventional prefoldin RBP5 interactor), a regulator in cell growth control that acts downstream of the target of rapamycin (TOR).
The structure of the URI complex is unknown, although the crystal structures of the archaeal homologues of several of its components have been solved. Therefore, it is likely to form a striking jellyfish-shaped scaffold structure consisting of prefoldins (PDFs) with having RuvB-like helicases attached to it. To generate accurate fits of crystal structures into EM-maps, additional spatial information is advantageous. A novel cross-linking strategy using a bivalent isotope tagged chemical compound, in combination with MS can provide such information. It has been established in the host institution and allows for identification of the interface of interacting proteins at primary structure level.
We plan to combine this technology with single particle cryo-EM and the fitting of crystal structures to resolve the structure of the URI complex to pseudo atomic level. In a second step, the structure of the URI complex will be used as a template to monitor interactions with the next neighbours in the signalling pathway by pattern recognition within CET. This approach will provide a structural insight into a branch of the TOR signalling pathway that has been linked to diseases like the metabolic syndrome.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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FP6-2005-MOBILITY-5
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
ZURICH
Suisse
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.