Ziel
Here we propose a novel hybrid strategy for the structure determination of macromolecular complexes using a state of the art mass spectrometry (MS) and cryo-electron microscopy (EM) approach. This strategy allows for the accurate fitting of crystal structures into EM-maps, but also provides structural templates for the identification of macromolecular complexes within cryo-electron tomograms (CET) by pattern recognition. It promises to establish the critical link from structural analysis of isolated protein complexes to their observation in the cell. As a promising initial target for our investigations we chose the recently identified URI complex (unconventional prefoldin RBP5 interactor), a regulator in cell growth control that acts downstream of the target of rapamycin (TOR).
The structure of the URI complex is unknown, although the crystal structures of the archaeal homologues of several of its components have been solved. Therefore, it is likely to form a striking jellyfish-shaped scaffold structure consisting of prefoldins (PDFs) with having RuvB-like helicases attached to it. To generate accurate fits of crystal structures into EM-maps, additional spatial information is advantageous. A novel cross-linking strategy using a bivalent isotope tagged chemical compound, in combination with MS can provide such information. It has been established in the host institution and allows for identification of the interface of interacting proteins at primary structure level.
We plan to combine this technology with single particle cryo-EM and the fitting of crystal structures to resolve the structure of the URI complex to pseudo atomic level. In a second step, the structure of the URI complex will be used as a template to monitor interactions with the next neighbours in the signalling pathway by pattern recognition within CET. This approach will provide a structural insight into a branch of the TOR signalling pathway that has been linked to diseases like the metabolic syndrome.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP6-2005-MOBILITY-5
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
ZURICH
Schweiz
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.