Obiettivo
Here we propose a novel hybrid strategy for the structure determination of macromolecular complexes using a state of the art mass spectrometry (MS) and cryo-electron microscopy (EM) approach. This strategy allows for the accurate fitting of crystal structures into EM-maps, but also provides structural templates for the identification of macromolecular complexes within cryo-electron tomograms (CET) by pattern recognition. It promises to establish the critical link from structural analysis of isolated protein complexes to their observation in the cell. As a promising initial target for our investigations we chose the recently identified URI complex (unconventional prefoldin RBP5 interactor), a regulator in cell growth control that acts downstream of the target of rapamycin (TOR).
The structure of the URI complex is unknown, although the crystal structures of the archaeal homologues of several of its components have been solved. Therefore, it is likely to form a striking jellyfish-shaped scaffold structure consisting of prefoldins (PDFs) with having RuvB-like helicases attached to it. To generate accurate fits of crystal structures into EM-maps, additional spatial information is advantageous. A novel cross-linking strategy using a bivalent isotope tagged chemical compound, in combination with MS can provide such information. It has been established in the host institution and allows for identification of the interface of interacting proteins at primary structure level.
We plan to combine this technology with single particle cryo-EM and the fitting of crystal structures to resolve the structure of the URI complex to pseudo atomic level. In a second step, the structure of the URI complex will be used as a template to monitor interactions with the next neighbours in the signalling pathway by pattern recognition within CET. This approach will provide a structural insight into a branch of the TOR signalling pathway that has been linked to diseases like the metabolic syndrome.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2005-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
ZURICH
Svizzera
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.