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Contenuto archiviato il 2024-05-29

A bioinformatics and systems biology approach for the functional analysis of a growth-regulating MAP kinase pathway in Arabidopsis

Obiettivo

This proposal contains fundamental science, but within one of the central aspects that make plants of vital importance for humanity: their growth and development. It is increasingly clear that biomass is one of the few sustainable energy alternatives. The mitogen-activated protein kinase (MAPK) phosphorylation cascades are conserved signalling modules in all eukaryotes and have pivotal roles to regulate cell division and cell growth in animals but such roles in plants are just emerging. Specifically, in my work I recently discovered that group D MAPK kinases potentially regulate plant growth and development. Within this project I propose to focus on MKK9, because it is also stress induced, and bioinformatics analysis shows co-regulation with genes important in growth and environmental adaptation. A close collaboration between the School of Biological Sciences, and the Computer Sciences at Royal Holloway, University of London, will enable me to build a novel system's biology approach to reach my goals.

My work program is designed around six modules;
1. molecular genetics studies of MKK9 by analysing insertional mutants, RNAi and over-expression lines,
2. detailed phenotypic analysis of these lines
3. genome-wide transcriptomics with inducible gain of function mutant forms to find downstream targets,
4. bioinformatics analysis of the transcriptome data that we obtain, and the public databases to find candidate target genes, and coregulated genes,
5. high-throughput functional analysis of the MKK9 signalling pathway by a cell transfection system and promoter reporter gene readout and finally
6. model building that utilise gene antology (GO) terms and computer language, which will allow to make predictions and plan further experiments on the whole plant level towards the goal of attaining plants with better yield and stress tolerance.

This multidisciplinary program should enable me to reach professional maturity and to establish a research career upon return to Hungary.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP6-2005-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

EIF - Marie Curie actions-Intra-European Fellowships

Coordinatore

ROYAL HOLLOWAY AND BEDFORD NEW COLLEGE
Contributo UE
Nessun dato
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

Nessun dato
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