Obiettivo
The human genome has only about 24,000 protein-coding genes, considerably less than it was previously suspected. Much of the complexity of higher organisms can be attributed to alternative splicing (AS), and more than 70% of human genes are alternatively spliced. However, the number of functional proteins in humans, mice or Drosophila is still entirely uncertain as the putative proteins are identified from nucleic acid sequence information.
As there are several databases of AS that contain putative alternative splices assembled from the available EST- and cDNA-based evidence, we are planning to screen these AS isoforms as to whether they have full-length domains and if they can be folded into a stable 3D structure. In the first step we will filter the isoforms with our domain database, which contain only domains, derived from Pfam, that are always full-length (90% of the available Pfam families). In the next step we will mine the annotations of those human Swissprot proteins that have both AS and 3D-structure information, supplemented with orthologous proteins from other organisms and tissue-specific information to create a test set where we can determine with a high level of confidence if the observed splice variants exist in nature or not. We are going to use this test set to generate probabilistic models where we can calculate the probability if a certain AS isoform can exist as a stable isoform. The test set will be also used in evaluating the AS isoform models by structural calculations focusing on the newly discovered connection between alternative splicing and protein disorder. Some calculations will be performed at the High Performance Computing Centre of the University of Szeged in collaboration with theoretical physicists. The added value of this multidisciplinary approach will be hopefully both a better understanding of alternative splicing and the refining of the force fields and local effects used in the molecular modeling of disordered proteins.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2004-MOBILITY-12
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
IRG - Marie Curie actions-International re-integration grants
Coordinatore
BUDAPEST
Ungheria
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.