Ziel
The human genome has only about 24,000 protein-coding genes, considerably less than it was previously suspected. Much of the complexity of higher organisms can be attributed to alternative splicing (AS), and more than 70% of human genes are alternatively spliced. However, the number of functional proteins in humans, mice or Drosophila is still entirely uncertain as the putative proteins are identified from nucleic acid sequence information.
As there are several databases of AS that contain putative alternative splices assembled from the available EST- and cDNA-based evidence, we are planning to screen these AS isoforms as to whether they have full-length domains and if they can be folded into a stable 3D structure. In the first step we will filter the isoforms with our domain database, which contain only domains, derived from Pfam, that are always full-length (90% of the available Pfam families). In the next step we will mine the annotations of those human Swissprot proteins that have both AS and 3D-structure information, supplemented with orthologous proteins from other organisms and tissue-specific information to create a test set where we can determine with a high level of confidence if the observed splice variants exist in nature or not. We are going to use this test set to generate probabilistic models where we can calculate the probability if a certain AS isoform can exist as a stable isoform. The test set will be also used in evaluating the AS isoform models by structural calculations focusing on the newly discovered connection between alternative splicing and protein disorder. Some calculations will be performed at the High Performance Computing Centre of the University of Szeged in collaboration with theoretical physicists. The added value of this multidisciplinary approach will be hopefully both a better understanding of alternative splicing and the refining of the force fields and local effects used in the molecular modeling of disordered proteins.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP6-2004-MOBILITY-12
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
IRG - Marie Curie actions-International re-integration grants
Koordinator
BUDAPEST
Ungarn
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.