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Contenuto archiviato il 2024-05-29

A quest for biological roles of new small RNAs in Escherichia coli

Obiettivo

In recent years, genomic searches performed in several laboratories have indicated the high prevalence of identified new small, untranslated RNAs in all organisms, from bacteria to animals and plants. In the enterobacterial model E. coli, many new RNAs were identified (50) or predicted (250). However, although their expression patterns suggest involvement in stress responses, few of them have at present a biological function assigned to it. Moreover, even for the few for which information about a biological role has been obtained, detailed mechanistic understanding has not been obtained. Different approaches can be used to address function. Since E. coli is a genetically tractable organism, small RNA knockout or overexpression strains can easily be constructed for subsequent phenotypic analyses. Functional genomics approaches such as phenotype arrays, 2D gels, and microarrays will help to identify the regulated target genes and/ or pathways affected by chosen small RNAs (monitoring changes in mRNAs, or proteins). In addition, a bioinformatics approach developed recently in the host group will be employed to search for target mRNA, on the assumption that most of the small RNAs may act as antisense RNAs. This will be followed up by measuring small RNA effects on target/ reporter gene fusion constructs. Furthermore, small RNA/ target control systems will be characterised in detail by mechanistic studies, primarily carried out in vitro (RNA structure determination, RNA-RNA interaction, effects of helper proteins etc.). In conclusion the proposed work is expected to highlight the variety of ways in which sRNAs can regulate gene expression and the physiological conditions under which they are believed to function, as well as their biochemical properties, and their mode of action. In addition, an elucidation of sRNA-mediated control in bacteria may be of great relevance for comparisons to small RNA (e.g. microRNA) dependent regulation.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP6-2002-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

EIF - Marie Curie actions-Intra-European Fellowships

Coordinatore

UPPSALA UNIVERSITY
Contributo UE
Nessun dato
Indirizzo
Sankt Olofsgatan 10B
UPPSALA
Svezia

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Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

Nessun dato
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